一見普通の女子大学院生シドニー・ブリストウには、秘密があった。実はCIAの秘密作戦支部SD-6のスパイなのだ。そんな中、事情を知らない恋人ダニーからプロポーズされ、悩んだあげくシドニーはダニーに自分がスパイであることを告白する。ダニーは愛するがゆえシドニーの全てを受け入れるが、事情を知ったSD-6はダニーを殺害してしまう。SD-6とは実はCIAとは全く関係のない国際的犯罪組織であり、秘密が漏れるのを恐れたSD-6はシドニーの命までをも狙う。恋人を失った悲しみと混乱の中、シドニーはSD-6と同時にCIAのエージェントにもなりSD-6の秘密を探りその壊滅を狙う2重スパイとなることを決心する・・・。
第1話 語られた事実
恋人ダニーにプロポーズされた大学院生のシドニーは、自分がCIAの秘密組織、SD-6の一員であることを彼に打ち明ける。だが、秘密を知ったダニーはSD-6に殺害されてしまう。その後、失意に沈むシドニーは父ジャックからSD-6は犯罪組織だと知らされる
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第2話 闘いの始まり
シドニーは担当オフィサーとなったヴォーンの指示を受けながらSD-6の任務を再開するが、SD-6壊滅は遅々として進まない。やがて旧ソ連のファイル回収の任務が与えられ、パートナーのディクソンと共にロシアへ向かう。そしてCIAからも対抗任務が与えられる。
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第3話 宿命のライバル
中世の予言者が書いたコードの続きが、スペインの自動車博物館にある2枚目のスケッチに書かれているらしい。シドニーはケースごと確保するためスペインへ飛び、博物館のパーティーへ。そこでロシアのスパイ組織、Kディレクトレートのアンナが現れ、対決する。
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第4話 疑念
暗号を解く為KディレクトレートとSD-6双方が獲得したものを持ち寄りケースを開ける。シドニーとアンナは暗号を暗記、解析を争う。その結果、そのコードはスペインのある教会の座標を示すものと判明。シドニーはそこに納められた「黄金の太陽」入手を命じられる。
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第5話 身代わり
シドニーはディクソンと共に、対生物兵器ワクチンの情報を握るドイツ人のシラー博士を、情報と交換にアメリカに逃がす任務につく。同時にヴォーンからシラーと彼と瓜二つの工作員ケルヴィンをすり替えるよう言い渡される。すり替えは無事に成功するが…。
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第6話 母の死の秘密
シドニーはヴォーンの情報から母を死なせたのは父ではないかと疑いを持ち始める。シドニーの次の任務はライバル組織FTLの暗号機を奪回することだったが、それは暗殺された受取人のDNAが必要と判明。そこで受取人の埋葬場所を突き止める為、病院へ潜入するが…。
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第7話 灰色の真実
潜伏先の病院でシドニーは拘束され、Kディレクトレートの医師の拷問を受ける。だが一瞬の隙をついてシェパードを連れて脱出。そしてシェパードからダニーの死について新事実を告げられる。一方SD-6でスローンは“モグラ（2重スパイ）”の処分を命じられる。
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第8話 時計の語る謎
シドニーはランバルディが設計した時計の修理の為、イタリアへ。その後、SD-6で「黄金の太陽」をその時計にはめてみると星図が現れる。そこに示されたアルゼンチン国境の山に向かうシドニー達は、その地下でランバルディの日記を発見。だが、再びアンナが現れる…。
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第9話 シドニー暗殺命令
シドニーが「モグラ」と判定された為、スローンはある罠を仕掛けたシドニー暗殺命令を出す。一方、シドニーは武器商人ハッサンの口座番号入手の為、トスカーナへ向かう。だが、その後の任務でCIAに流していた電波をマーシャルにモニターされてしまう。
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第10話 疑惑の代償
スパイ疑惑でシドニーは拷問されそうになるが、何故か任務に同行していたラセックが処刑される。その後シドニーは、ラセックに疑惑がかかるようジャックが細工した事、そして彼が武器商人ハッサンに捕らえられている事を知り、ハッサンの潜伏先のキューバへと向かう。
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第11話 苦渋の決断
ヴォーンはシドニーの母の本にあった暗号をKGBの指令と分析。それはジャックがKGBのエージェントと推測されるものだった。そんな中、シドニー達は、ハッサンの亡き後にその地位についたサコーラスのコンピュータから情報を引き出す任務の為、ギリシャへ向かう。
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第12話 侵入者
驚愕の事実を知りショックを受けたシドニーは、SD-6を辞めるとヴォーンに打ち明ける。同じ頃、SD-6は武装グループに侵入され、メンバー全員が拘束されてしまう。そのグループのリーダー、コールはSD-6の金庫を狙っていたが…。
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第13話 拷問
コールがビルに誰かいると気付き、降伏しないと人質を殺すと警告。ジャックはシドニーに逃げる時間を与える為に投降する。スローンが稼動させたシステムによる爆発を阻止する為、シドニーは侵入者が金庫のコードを解読する前に3つの爆弾を処理しなければならないが…。
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第14話 新たなる敵
“ザ・マン”が、SD-6襲撃と同じ日にライバル組織FTLも襲撃し、ランバルディの作品と情報を盗んだ事を掴んだスローン。彼は、“ザ・マン”率いる謎の組織がKディレクトレートと接触する日時を探る為、ラスベガスへ飛ぶようシドニー達に命じる。
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第15話 空白のページ
シドニーは、以前アンナに盗まれたランバルディの日誌が“ザ・マン”の副官サークに渡る前に奪取する任務につく。CIAはSD-6に渡す前にその写真を撮るよう命じる。その後、CIAはその写真を分析、47ページ目の白紙を見つける。
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第16話 恐怖の大予言
“ザ・マン”と目される男の写真を入手したシドニーはDSR（特別調査部）に拘留される。DSRは47ページに浮かんだシドニーと瓜二つの像の謎を追っていたのだ。その頃、SD-6は“ザ・マン”がロシアン・マフィアに繋がる大物、アレクサンダー・カジノーであると特定する。
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第17話 逃亡者
ランバルディの日誌に現れた女性に合致した為、FBIに拘束されたシドニーは、特別捜査官ケンダルから予言の内容を聞かされ、DSRの尋問に協力する。一方「予言破り」の計画を立てたジャック達は、ハラッキを脅してシドニーを救出、彼女をイタリアへ向かわせる。
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第18話 仮面舞踏会
CIAの調査委員会が母ローラが生きているという結論を出したと知ったシドニー。母を捜す為、スローンにSD-6の任務を暫く離れたいと願い出るが、ローラのKGB時代の上司カジノーがらみの任務を与えられる。ウィーンに飛んだシドニーは仮面舞踏会に潜入する。
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第19話 暗殺者
Kディレクトレートはカジノー暗殺の為、殺し屋スノーマンを雇う。この情報を得たヴォーンはカジノーの居場所を突き止める為、スノーマンを追跡する。一方、データコアの情報を調べカジノーを追跡していたシドニー達は、ローラの画像を見つける。そこには衝撃の事実が…。
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第20話 第２の小瓶
シドニーは、コールが盗もうとした液体入りの小瓶を餌にカジノーをおびき出す案を思いつき、ヴォーンと共にアルジェリアの美術館に侵入。ランバルディの工芸品を盗んで、第2の小瓶が見つかったと噂を流す。するとカジノーの右腕、サークが早速食いついてくるが…。
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第21話 脱出
シドニーはサークとの交渉現場に現れたディクソンと格闘し負傷する。ヴォーンはCIAの規定を破り、拘束したサークを一人残しシドニーを救出、その間にSD-6にサークを奪われてしまう。帰国後、デンパサールで戦った女性に既視感を覚えたディクソンは、シドニーに不信感を抱く。
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第22話 真実の敵
サークに誘拐されたウィルは「サーカンファレンス」について尋問を受け拷問される。一方シドニーは、ウィルとランバルディの書類・薬液との交換を迫られる。その後ハラッキから得た情報を元に、シドニー達はウィル救出の為、台北へ。遂に“ザ・マン”と対面する…。
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第1話 過去との対決
ランバルディの究極の兵器とは?台北で拘束されたシドニーは、ついに”ザ・マン”の正体を知ることになる。それは同時に実の母、イリーナ・デレフコとの衝撃の再会でもあった。一方、SD-6を探っていたことで命を狙われたウィルは、ジャックに救出され、自らによるSD-6に関する告発記事は、ドラッグ使用による捏造だったとしてすべてを撤回した。その後、デレフコ率いる組織の情報を探るためにフランス入りしたシドニーは、行方不明になっていたヴォーンを発見する。
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第2話 不信の渦
CIAに拘束されたイリーナから、情報提供の相手に指名されるシドニー。だがその真意を掴めず断る。スローンは、デレフコ率いる組織の資産や犯罪に関する情報が収められたディスクを横取りするため、シドニーをラバトへ向かわせた。CIAは、そのディスクを途中で回収し、SD-6へは偽のディスクを渡す計画を立てたがこれに失敗、ディスクはSD-6のもとへと渡ってしまう。一方デレフコは、出頭して以来、CIAに協力するつもりはあるが、その情報はシドニーにしか話さないという姿勢を崩さずにいた。
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第3話 暗号の旋律
ディスクに収められていた情報の中でスローンが最も興味を示したのは、開発されたばかりの高性能カメラであることがわかった。しかし、その完成版はサークが入手、まもなく衛星で打ち上げられようとしていた。このカメラは、衛星に積めば地下施設まで映し出すというもの。シドニーはすぐさま打ち上げ台へ向かい、カメラからの画像を傍受できるよう衛星に細工をする。その後、衛星から送られてきた画像によって、シベリアの雪原に金属製の物体が埋められていることが判明し回収に向かうが、そこで何者かに襲撃される。
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第4話 父の策略
探し当てた金属物体は、ランバルディのオルゴール。その旋律にゼロポイント・エネルギーの方程式が隠されている。シドニーはCIAに曲を録音させた後、オルゴールが機能しないよう細工をする。一方SD-6は、デレフコ率いる組織の運営に関する重要な情報が記された”バイブル”を追っていた。一連の任務のために正しい情報を提供してきたデレフコに対し、シドニーは信頼感を持ち始める。その矢先、シドニーは、デレフコ話 ”バイブル”の隠し場所として指定した建物へ向かうが、そこには大量の爆発物が仕掛けられていた。
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第5話 スパイ・プログラム
虚偽情報の提供によって、ＣＩＡとの協定違反に問われたデレフコに死刑の求刑が下される。しかし、この件に関するジャックの判断に不自然な点が多いことから、ヴォーンは独自に調査をしていた。一方、犯罪組織トライアドが開発中の次世代兵器に関する情報を追っていたシドニーが目にしたのは、スパイ養成教育を受ける子供達。シドニーは、このプロジェクトの責任者コロコフを拘束すべく自宅へ乗り込んだ。そこで見た3次元パズルに見覚えがあると感じたシドニーは、自ら希望して催眠療法を受け、信じ難い事実を突き止める。
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第6話 死のウイルス
デレフコが全容疑を認め、異例の速さで刑執行が決定する。シドニーはデレフコを陥れるためのジャックの工作行為を告発し、6歳の自分をスパイにプログラムしたジャックに対して心を閉ざし続けた。SD-6は、サークが開発中の生物兵器の研究データを得るため、ジャックとシドニーをジュネーブの病院へ侵入させる。その後、サークが拘束していた男が侵されていた生物兵器ウイルスの発生源が判明。それは、台北で破壊されたランバルディの装置だった。その場に居合わせたシドニーとヴォーンは感染を疑われ、緊急隔離される話
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第7話 スローン暗殺計画
ヴォーンは生物兵器ウイルスに感染していた。その余命は3日間。デレフコの情報から解毒剤製造機の存在を確認したシドニーは、エストニアの軍事施設へ向かう。そこで製造機がセキュリティ・システムに直結していることが判明したため、ケンダルは作戦中止を命令するが、シドニーはワクチン製造を強行。しかし、脱出途中でサークに見つかり拘束されてしまう。サークはシドニーを解放する条件としてスローンの身柄を要求。シドニーは、ヴォーンの命を救うため、この要求を呑むことにした話
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第8話 核弾頭を奪回せよ（前編）
シドニーが東京から戻ると、SD-6にはスローンとサークの姿が…。スローンは、今後サークと協力してデレフコを捜索すると告げた。サークの指示のもと、シドニーとディクソンはウズベキスタン国境付近の通信コードを買い取るべく現地へ向かう。これを解読した結果、核弾頭の起爆コードだったことが判明した。ジャックとシドニーは、デレフコを伴い核弾頭奪回へ向かう。一方、スローンはエミリーの生存をほのめかし大金を要求する脅迫電話を受ける。数日後、スローンの元にエミリーの切断された指が送りつけられた。
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第9話 核弾頭を奪回せよ（後編）
核弾頭の奪回に向かう途中、シドニーらは武装グループＰＲＦの奇襲攻撃を受けるが、ジャックの作戦によってその場を逃れた。PRFの施設内に侵入した３人は、それぞれが手分けをして核弾頭を探す。ところが、核弾頭を見つけたシドニーとジャックの前に、デレフコがＰＲＦのリーダー、キュヴェを伴って現れた。ヴォーンは、PRFに核弾頭が渡ったことを知ったインド政府が先制空爆を決定したことを受け、単独で救出に向かう。一方スローンは、エミリーに関する脅迫電話の件をアライアンスに報告。
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第10話 マーシャル初出動
スローンは、NSAの監視用衛星システム”エシュロン”へのアクセス端末回収のため、シドニーとサークをパリへ送り込んだ。回収には成功するが、セキュリティがかかっていたため電源を入れたとたん初期化されてしまう。その後、端末のソフトのコピーがロンドンに保存されていることがわかり、施設侵入に必要な高度数学知識を持ち合わせるマーシャルに任務同行の要請が下る。一方、SD-6にはアライアンス諜報対策部長ケインがエミリー事件の調査に乗り込んできた。ケインはジャックに疑惑を抱き、調べを始める。
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第11話 アリバイ工作
キュヴェの部下に拘束されたマーシャルは、拷問によってエシュロンのソフト復元を強要される。その頃SD-6では、マーシャルから送られてきたデータの復元を進めるうちに、データの一部がベトナム政府機関の施設で滞っていることが判明、シドニーはこの回収へ向かう。ＣＩＡは、SD-6のエシュロン侵入を阻止するためアクセスポイントの閉鎖を試みるが、失敗。シドニーは、デレフコから協力を得ることを進言した。一方、ケインの執拗さに危機感を持ったジャックは、CIAの対抗任務を隠すべくアリバイ工作に奔走する。
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第12話 脅迫者の正体
ジャックは、アライアンス諜報部が迫る中、自ら真犯人捜しに乗り出す。スローンからアライアンスのメンバー、ブリオーを暗殺した経緯を告白されたジャックは、その身辺を洗ううち、ブリオーとケインが親密な関係にあったことを突き止めた。SD-6は、トライアドが高性能ミサイル誘導システムの試作品を完成させたことを知り、回収のためシドニーとディクソンをニースに送り込む。同時にCIAの対抗任務のため、ヴォーンもニースへ向かった。任務終了後、ヴォーンはシドニーをディナーに誘う。
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第13話 コピー・エージェント
ベルリンでＣＩＡエージェントのウォレスが爆死した。ウォレスは、マルコヴィッチ博士の極秘プロジェクト”へリックス”を探るため、レノックスとペアを組み潜入任務に当たっていた。シドニーとヴォーンは、行方不明のレノックス救出のためドミニカへ。この時ダウンロードしたデータから、へリックス計画とはコピー人間を作り出す遺伝子再配列の技術であることがわかった。へリックスの装置を回収するため、シドニーはレノックスを伴ってポーランドへ向かう。
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第14話 アライアンス崩壊
スローンが姿を消し、アライアンスは元ドイツ情報部のガイガーを局長後任として選出した。ガイガーの調べにより、スローンが隠していた47番サーバーの存在が発覚。シドニーは、それがアライアンスのセントラル・サーバーであると直感しデータを回収する。しかし、データの真偽を確かめるためSD-6に戻ったジャックは、ガイガーに拘束されてしまう。シドニーは、ディクソンに真実を告げて協力を要請、そこで得た情報によってデータの信憑性が確認され、ＣＩＡはアライアンスの全施設に一斉攻撃をかける。
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第15話 新たなる野望
アライアンス崩壊を果たしたシドニーは、大学院卒業を節目にＣＩＡに辞表を提出した。しかし卒業式の朝、スローンから電話が入り、アライアンス崩壊はすべて自分の策略だったと告げられる。その後スローンは、数学者のキャプラン一家を誘拐。その狙いは、キャプランの頭脳を利用して、その多くは兵器だというランバルディの作品を組み立てることだった。ＣＩＡでは、スローンが失踪直前に接触した男を調べ、スローンの行き先の手がかりをつかむ。
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第16話 恐怖の炎
遂にランバルディの装置が完成した。スローンは自らの計画のため、カンダハルの有力者カビールに接触する。その後、メキシコのバチカン大使館では、建物内の人間だけが燃え上がり焼死する事件が発生。それは完成したランバルディの装置、高エネルギー・パルス発生器によるものだった。シドニーは兵器回収に向かうが、スローンは既に兵器と引き換えに、ある書類の一部を受け取っていた。一方、シドニーのアパートでは盗聴器に続いて映像のトランスミッターが発見される。
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第17話 ヴォーンの秘密
ロシア人武器商人のカルパチェフが殺害される。これを指示したスローンの狙いは、ランバルディの心臓に関する研究書類。しかし、書類は既に他人の手に渡っていた。ジャックは、書類を先に手に入れ、デレフコを使ってスローンをおびき出す作戦を立て、これに臨む。その頃シドニーは、対情報工作アナリスト、イェーガーからヴォーンについて厳しい聴取を受ける。過去3ヵ月の間、元KGB暗殺者、プログロスキーと頻繁に接触するなど、ヴォーンの行動に不審な点が多く調査中だという。
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第18話 運命の銃弾
デレフコはＣＩＡを裏切って逃亡、スローンと手を組んだ。狙いは遺伝子解析のデータベース。これを盗み出すため、サークと共にシュトゥットガルトへ向かった。CIAは、3人が合流したところで一斉逮捕をするべく、デレフコの体に埋め込んだ受動式追跡装置を起動させて行方を追う。一方、スローンにまだ秘密があると感じたエミリーは、フィレンツェのアメリカ領事館に出頭、ＣＩＡへの協力を申し出た。エミリーの情報に基づき、CIA部隊はトスカーナの別荘を武装包囲。突入したシドニーは、逃亡する母の背に決意の銃口を向ける。
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第19話 エンドゲーム
ＣＩＡによる襲撃中にエミリーが銃弾に倒れ、スローンらはヘリで逃亡した。その後スローンは、遺伝子解析データベースの解読を、拘束中の数学者キャプランに命じていた。一方、キャプラン家の通話記録を調べていたシドニーは、キャプランとロシア諜報員との関与を疑う。シドニーから事情説明を受けた妻のエルザは、実は自分こそがスパイであったことを告白、夫を助けたいとＣＩＡに出頭する。CIAでは、トスカーナ作戦の衛星画像が不正に外部流出していたことが発覚。数日後、ディクソンの妻が乗った車が爆破された。
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第20話 カウントダウン
スローンは、ディクソンへの復讐を果たしてもなお、エミリーを亡くした喪失感から逃れられず、全てをデレフコとサークに委ねてネパールの秘境へと旅立つ。一方、CIAではマーシャルが心臓に関するランバルディの書類を解読。その内容は、歴史的事件の起きた時間と日付の羅列であり、それは、今から４８時間後に何かが起こる可能性をも示唆していた。シドニーは、この解読の鍵となったＤＮＡ配列を持つ人物、ディ・レーニョを捜してパナマシティへ向かうが、そこで心臓を奪われたディ・レーニョの死体を発見する。
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第21話 ウィルに迫る罠
ウィルがＣＩＡの通信システムから不正に情報を漏えいした証拠が挙がった。その上、ヘリックス計画によってコピーされたスパイである可能性が浮上し、拘束される。ウィルの嫌疑を晴らすため、シドニーはコピー実験に使われたＤＮＡデータを入手しようとマルセイユのサーバー・ファームに侵入するが、そこでデレフコに出くわす。先回りしてデータを入手したデレフコは、シドニーに取引をもちかけた後、姿を消した。一方、突然ジャックの前に現れたスローンは、もう一度手を組みたいと申し出る。
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第22話 空白の時
デレフコがCIAに提供した情報によってウィルへの疑いは晴れ、放免された。再びシドニーの前に現れたデレフコは、NSAが保管していたランバルディの作品をスローンが襲撃して奪い、チューリヒの倉庫に保管していると告げる。CIAは回収に向かったが、これらは全て偽物だった。事態を重く見たCIAは、ディ・レーニョの心臓をベンチュラの海軍基地へ移すことを決めるが、この移送中にジャックが襲撃される。すべてを手に入れたスローンは、遂に装置を完成させた
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第1話 失われた記憶
香港の、見覚えのない裏通りでシドニーは目を覚ました。迎えに来たヴォーンは、混乱するシドニーに対し、2年が経ったことを告げる。過去2年間の記憶を失ってしまったシドニーは、見知らぬ環境で次々と起こる現実と葛藤する。ヴォーンは結婚し、更にジャックとスローンの運命はそれぞれ衝撃的に変化していた。そんな中、CIAから一時的に許可を得て、シドニーは自分の記憶回復に役立つ可能性のある作戦に参加する。
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第2話 秘密組織コヴナント
シドニーは失ってしまった2年間の真実を取り戻すため、CIAに拘留中のサークに立ち向かう。しかし新たなテロ組織コヴナントが、誘拐した2人の科学者と引き換えにサークの身柄をCIAに要求。シドニーは人質の交換を命じられる。その頃ジャックは、娘が姿を消していた2年間にスローンの関与を疑い、ある驚くべき事実を暴く。そしてシドニーは遂に、ヴォーンの妻であり、NSC（国家安全保障会議）の連絡員としてCIAの任務にも携わるローレン・リードと対面する。
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第3話 衛星攻撃兵器
ロシアに衛星が墜落。それに絡んでいると思われるオランスキーとサークがメキシコで落ち合うとの情報から、シドニーは2人を追跡する。一方、NSCがラザレイ殺しの現場の映像を入手。ジャックは、シドニーを守るため、映像解析の阻止を試みる。
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第4話 魔の生物兵器
フランスの病原体の施設からエボラ菌が盗まれる。コヴナントが黒幕と睨んだNSCは、菌に感染し、捕まった犯人グループの一人、ボグダンの尋問をシドニーに依頼。犯人達が「第二の仕事」を控えていることを聞き出したシドニーは、犯人グループに潜入するのだが…。
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第5話 誘拐されたスローン
ある刑務所が生物兵器によって襲撃を受けた。数百人が死に、唯一生き残った武器商人ボマーニがサークに連れ去られる。ボマーニ逮捕の情報提供者であるスローンに話を聞きに行ったシドニーとローレンだったが、彼女たちの目の前で、スローンがサークに誘拐されてしまう…。
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第6話 アリソンの復活
スローンの情報から、コヴナントが戦略兵器庫にアクセスする装置を狙っていることが判明。一方、シドニーはディクソンからアリソンが生きているということを告げられる。シドニーとヴォーンはミラノに装置の回収に向かうが、そこでシドニーを待っていたのは…。
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第7話 始まった悪夢
過去にシドニーが潜入したグループのメンバー、ハビエルが捕まる。彼は、シドニーに関するある情報で警察と取引しようとする。一方、スローンは中国が開発したメーザーのオペレーティングシステムを盗むようコブナントから指令を受け、その作戦にシドニーを同行させる。
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第8話 シドニーの弱点
シドニーがローマで逮捕され、キャンプ・ウィリアムズに収監される。その頃、ラザレイ殺しに関わる情報をNSCに隠していたとして、ディクソンは全ての権限を剥奪される。本部長に就任したリンゼイは、シドニーの事情聴取にローレンを立ち会わせるが…。
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第9話 記憶への旅
シドニーを救出したジャックらは、コヴナントの仕業に見せかけるための作戦を立てる。まずは、ローレンがリンゼイの元に戻り、コヴナントがシドニーのと引き換えにランバルディの装置を要求しているとの虚偽の報告をする。一方、シドニーとジャックは暗号にあった座標の地点へ。
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第10話 再会の果てに・・・
夢を利用して、記憶を取り戻すための療法を受けたシドニーは、夢の中で47と書かれた扉を開ける。すると、そこにはウィルの姿があり「セント・エイダン」という文字が書かれたシリアルの箱があった。夢に何度か出てきたその文字の意味を探るため、シドニーが向かった先は…。
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第11話 過去の全容
ランバルディのDNAが入った箱が特別調査部DSRに回収されてしまう。その夜、シドニーは何者かに拉致され、気がつくとジェット機の中にいた。そして、彼女の目の前にいたのはケンダルだった。彼はシドニーの空白の2年間のことを知っていると告白する…。
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第12話 北からの脱出
証券取引委員会から不審な外国口座の報告を受ける。調査したところ、そこにはコヴナントのメンバーからの暗号化されたメッセージが入っていた。身柄の保護を条件に、組織の情報を話すというのだ。シドニーとヴォーンはその人物のいる北朝鮮に向かうのだが…。
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第13話 処刑システム
北朝鮮の任務依頼、気まずいシドニーとヴォーン。コヴナントの6つの支部の戦略が書かれたルールブック、ドレアック・メモのコピー回収作戦で、二人は、再び任務に就くことに。一方、孤独に悩まされているスローンは、ジャックの紹介でカウンセリングを受けるのだが…。
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第14話 裏切り者
テロ組織シャイニング・ソードの工作員にプラズマ爆弾が渡ったという情報が入る。シドニーとヴォーンは、爆弾を輸送する船の情報を得るため、バンクバーのデータ保管庫へ潜入。ところが、先に潜入していた何者かがウィルスを仕込み、コピーの途中でデータが消え始める…。
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第15話 サークの口癖
サークは、厳重な警備のもと、アメリカに送り返されることに。だが、サークを乗せた飛行機が、なぜか着陸予定ではない場所に着陸したとの情報が入り、シドニーとワイスが着陸現場に向かう。その頃、ディクソンは自分の子供達が何者かに誘拐されたことを知る。
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第16話 ローレンの母
シドニーとヴォーンは、ランバルディの箱の鍵が数日前ボマーニによって発見され、さらにスローンがこれに関与していたことを知る。一方、ローレンの発言に疑いを持ったジャックは、そのことをヴォーンに打ち明けるが、耳を貸さないため、独自に彼女の移動記録を調べ始める。
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第17話 暴かれゆく正体
サイバーテロが起こり、医療施設のデータが破壊される。シドニーとヴォーンは、ベルリンのクラブでコンピューターウィルスを作った犯人サイファーに接触。だが、突然彼が何者かに襲われてしまう。襲った犯人を追ったシドニーは、そこである人物を見かける…。
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第18話 スローンの処刑
ネパールで「乗客」捜しの鍵となるランバルディのある研究者が、コヴナントによって誘拐された。シドニーとヴォーンが、彼の救出に向かうのだが…。一方、スローンは72時間後に迫る自分の処刑を回避するため、ジャックを説得しようとするが、彼はスローンを許せず…。
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第19話 いもうと
ローレンを利用するため、彼女の前で良き夫を装い続けるヴォーン。そんな中、ある男からの情報で、自分の父親の最後の任務がランバルディに関係していることを知る。しかし、その事を報告する間もなく、ヴォーンは何者かに拉致されてしまう。
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第20話 メッセージ
ナディアに薬を投与し、ランバルディのメッセージを書かせていたスローン。そこへ、二人の居場所を突き止めたサークとローレンが現れ、手を組むよう要求する。一方、薬の調達を依頼しているスローンの通信を傍受したシドニーらは、薬のあるノブゴロドの軍事施設へ向かう。
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第21話 裏切り者に死を
方程式の解読作業が進められているCIAに、シドニーに変装したローレンが潜入。方程式をダウンロードした彼女は、マーシャルを撃ったうえ、捜査本部を爆破する。共犯者のサークはすぐに逮捕されるものの、ローレンは逃亡。シドニーは実行犯として容疑をかけられる
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第22話 爆弾魔
爆弾を作ったライアンという男が、銀行を爆破する。爆弾を売るため、その威力を見せつけるのが目的だった。コヴナントとの取引が成立しなければ、次の取引相手に売るために第2の爆破が行われる。ワイスは、コヴナントとの取引場所からライアンを連行しようとするが…。
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第1話 秘密支部APO（前編）
新任ディレクターのチェイスに降格を命じられたシドニーは、反発した勢いでCIAを辞職すると宣言する。しかしそれは、秘密支部のAPOへ異動するために仕組まれた退職劇だった。APOの最初のミッションで、馴染みのメンバーで構成された新チームは、危険なアイソトープの売買を防ぐためにベラルーシへと向かう。
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第2話 秘密支部APO（後編）
APOのターゲットは指名手配犯ヴァディークの窓口となる男タマザキ。シドニーはこのミッションに不可欠な情報を持つナディアと再会する。タマザキが狙う日本刀を美術館から盗み出し、彼をおびき出す作戦に出たシドニーは、彼の口から母親に関する衝撃的な告白を聞くことになる。
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第3話 ヴァルタ奪回指令
衛星による情報収集を飛躍させるヴァルタ・コンピューターがNSA（国家安全保障局）から盗まれた。ドイツのテロ組織に売り渡されるのを阻止しに向かったシドニーは、ワイス率いるCIAのチームによって危険にさらされてしまう。その間、イリーナの死の真相を巡ってシドニーと対立していたジャックは、ナディアにある情報を伝える。
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第4話 アイス・ファイブ
“アイス・ファイブ”と呼ばれる生科学兵器のサンプルを確保するよう命じられたシドニーとヴォーン。“アイス・ファイブ”は人間を完全に氷結させ、文字通り“フリーズドライ”状態で死に至らせる脅威を持っていた。この危険な生物兵器がダマスカスの買い手へ渡るのを防ぐため、シドニーとヴォーンはモンテネグロに向かい、主犯格の男の妹に接近する。
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第5話 自由の村の危険な仲間
シドニーとヴォーンはテロ組織オクトーバー団が運営するトレーニングキャンプに潜入。チェチェン人と身を偽った2人が連れて行かれた先は、アメリカ郊外の住宅地そっくりに作り変えられた軍事基地だった。アメリカ人夫婦に成りすます様々な訓練を通して、2人はこのキャンプが熾烈な生き残り競争を意味していることに気付く。
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第6話 恐怖の新薬ノクターン
新薬の開発に携わっていたCIAの女性麻薬捜査官が謎の自殺を図り、その夫が行方不明になった。夫婦の家で隠し部屋を発見したシドニーは、そこに監禁されていたと見られる夫に突然首を噛まれ、その後身体に異変を感じ始める。ジャックとヴォーンが治療薬を求めて奔走する間、シドニーは徐々に現れる恐ろしい幻想と必死に戦う。ディクソンは、体調が思わしくないシドニーを現場に送り出したスローンに異議を唱える。
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第7話 ブラックソリン
ある晩帰宅したシドニーの目の前に、ナディアと談笑するスローンの姿が。シドニーはナディアがスローンを家に招き入れたことに怒り、ナディアに厳しく忠告をするが、ナディアは父親のことをもっと知りたいと願う。そんな時、モンテカルロの武器ディーラーが企てている爆薬の売買を食い止める任務に向かった先で、シドニーとナディアは妙案を思い付く。
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第8話 宿敵の復活（前編）
新たなミッションのターゲットが判明した。以前シドニーと激しく対決し、既に死んだと思われていた宿敵アンナ･エスピノーサだ。アンナがランバルディの信奉者と関わりがあることから、スローンはこの任務から外れるが、ナディアは不吉な予感を抱く。そしてアンナに近付きつつあるシドニーたちに、ある悲劇が襲いかかる。
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第9話 宿敵の復活（後編）
アンナを雇った元コヴナントのテロ組織CRFの計画と内部情報を探るため、APOは刑務所に囚われているサークに協力を求めることに。サークは協力と引き換えに、ひとつの条件を提示する。シドニーとヴォーンは、今度こそアンナと決着をつけるためにヴェニスへと向かう。一方、アンナの銃弾に倒れ昏睡状態になったナディアに対しジャックが取った行動が、ジャックとスローンの間に新たな対立を芽生えさせる。
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第10話 ブラックウェル・リスト
パリでの任務を終えたシドニーとディクソンは、スローンがアライアンスの再結成を試みているのではと疑い始める。スローンに罠を仕掛け、真実を暴こうとするシドニーたちの計画を知り、大きなショックを受けるナディア。スローンを追い詰めたシドニーたちは、スローンが意外な人物を巻き込んでいたことを知る。その頃、昏睡状態の叔父のもとに駆けつけたヴォーンは、死んだはずの父親にまつわる不可解な出来事に直面していた。
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第11話 無人攻撃ヘリ
APOは“次世代のスナイパー”とも言えるバイオメトリクス・ターゲット装置に関する情報を得た。装置回収のためにシドニーはザルツブルグへと向かう。しかしこの武器のターゲットがシドニー自身に設定されてしまった。シドニーが危険にさらされている頃、ジャックは昔の人脈を辿り、危険な男に接近する。一方、ヴォーンの父親に関する追跡は、更に厄介な事態へと発展していく。
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第12話 ナディアの過去
ベラルーシの科学研究所で増幅レンズが開発された。セザール・マルティネスという男がレンズを狙っていることを知ったAPOは、彼より先にそれを入手するため、シドニーを科学研究所のパーティに送り込む。実はナディアは社会に強く反抗していた十代の頃にマルティネスと深く関与しており、その過去の記憶を甦らせる。父親の死を疑い始めたヴォーンは、更なる謎の解明にシドニーの協力を求める。
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第13話 マーシャル危機一髪
大規模テロ計画に関する情報の入ったハードディスクを追ってハバナに向かったシドニーが、任務を終えた直後に拉致されてしまった。意識を取り戻したシドニーは、自分が生きたまま棺桶に入れられ、墓場に埋められたことに気付く。その頃APOでは、シドニーからの情報をもとに回収したハードディスクが突然爆発し、神経性ガスが拡散したためにネットワークがダウンしてしまう。一刻を争うシドニーの救出作戦の使命を受けたのは、遅刻のため爆発を逃れたマーシャルだった。
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第14話 ナイチンゲール計画
父親に関する謎を追求し続ける中で、ヴォーンは“ナイチンゲール”というキーワードに突き当たる。またシドニーもAPOの機密情報から、同じ言葉を見つける。更なる手掛かりを探すため、休暇を装いミュンヘンに向かった2人は、シベリアで既に閉鎖された原子炉を使った“ナイチンゲール計画”が進行中であることをつかむ。
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第15話 告げられた真相
任務の途中で回収したコイルを奪い、姿を消したヴォーン。このコイルを取引の材料に使い、父親に関する真実を突き止めようとするが、この行動がAPOに悲惨な結果をもたらすことに。一方シドニーは、意外な情報源からの手掛かりをもとに、ある修理屋でオルゴールを入手する。そしてこのオルゴールに隠されていた暗号から、イリーナの存在が浮かび上がる。
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第16話 スローン２
スローンと名乗る男が、原子物理学者の女性を拉致したことが判明。ジャックはスローンを問い詰めるが、スローンは真っ向から関与を否定する。次第にスローンに成りすました謎の男の存在が浮上し、変異コイルを入手してランバルディの実験を完成させることが目的だとわかる。偽スローンの動きを予測するためには、スローンを頼りにするしか手段がないAPOは、慎重に偽スローンを追い始める。
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第17話 ソフィアの正体
テロ組織のベオグラード党がコペンハーゲンのインドネシア大使館を爆破した。奪われたのは、すべての生態系を破壊する威力をもつ生物兵器。これを取り返すために、ディクソンがテログループに潜入する。一方、任務中に核施設で被爆したジャックの身体には異変が現れ始める。シドニーとナディアは、エレーナ･デレフコという伯母について衝撃的な事実を知る。
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第18話 幻影の中に
テログループに潜入中のディクソンと協力し、シドニーたちは新兵器ハイドロセクの奪回のためウィーンへと向かう。一方、施設でナディアを育ててくれたソフィアが突然LAに現れ、ナディアとAPOを陥れようと着々と計画を進める。けいれんや幻覚といった症状にたびたび襲われるようになったジャックは、治療を求めて姿を消す。
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第19話 見果てぬ夢
シドニーたちはパリで偽スローンをおびき出す罠を仕掛け、身柄の確保に成功する。APOに拘束された偽スローンの正体を暴くために、マーシャルは催眠療法を使うことを提案する。自分が本当のスローンだと思い込んでいる理由を突き止めるためには、まず本物のスローンの記憶をある時点まで甦らせる必要があるという。しかしこの方法は、スローンの脳を危険にさらすものだった。
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第20話 スローンの背信
シドニーの家に滞在していたソフィアがリスボンへ帰った。しかしその後、ナディアのパソコンが操作され、プレゼントされたペンダントには盗聴器が仕掛けられていたことが判明。なんとソフィアは、エレーナ･デレフコ本人だったのだ。更にランバルディの作品をも盗み出した彼女を、APOは全力で追跡する。また、ナディアの存在がランバルディの予言に深く関わっていることも明らかになる。そして、銃弾に倒れたディクソンの口から、シドニーとナディアに驚くべき事実が伝えられる。
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第21話 救出と再会
ロシアのソヴォグダで大規模な暴動が発生した。ランの薬が入った水を飲んだ市民が、ランバルディのミュラー装置に操られて暴走し、殺し合いに発展したのだ。この装置を解除することが出来るのは、なんとシドニーがもう二度と会えないと信じていた人物だった。ソヴォグダに出発する直前、ヴォーンはシドニーに運命の申し出をすることを決心するが、なかなかタイミングがつかめずに苦心する。
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第22話 謎また謎
エリーナとの直接対決に向けて、ソヴォグダに降り立ったAPOのメンバーたちは、無数の死体と廃墟と化した街を目の当たりにする。ワイスとマーシャルはロシア軍による空爆を必死で食い止め、シドニーたちはエレーナとミュラー装置を追う。そんな彼らの前に、スローンが姿を現す。果たして彼の思惑は阻止できるのか？そしてシドニー、ヴォーン、ジャック、ナディアの運命は･･･？
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第1話 ヴォーンの真実
ヴォーンがシドニーに衝撃の告白をした直後、何者かの車に激突されて二人は気を失う。意識を取り戻したシドニーは、CIAがヴォーンを二重スパイだと疑い、激突は仕組まれた脱出工作だと見ていることを知る。同じ頃、別の場所に監禁されたヴォーンは、カーティスという男からある暗号の解読を迫られる。相手の意表を突いて脱出に成功し、密かにシドニーと再会したヴォーンは、自分の本名と、父が生前に関わっていた“プロフェット5”という極秘プロジェクトについて告白。一方、昏睡状態のナディアを救う治療法を求め、刑務所で医学雑誌を読みふけるスローンを訪ねるジャック。ヴォーンの行方を探す手掛かりとして、スローンはルネ･リエンヌという女性の名前を挙げる。そして、APOに隠れてプロフェット5について探りはじめたシドニーとヴォーンを、再び悲劇が襲う。
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第2話 謎の敵
ルネ･リエンヌを探し出したシドニーは、ヴォーンを殺した犯人に関するデータ収集の協力を求める。更にヴォーンを撃ったアイヴァン・カーティスが、謎の荷物の受け渡しのために、ハインリッヒ･ローマーと会うことを突き止める。そのためシドニーは、過去にローマーと関わりのあったスローンの助言を受けることに。一方カーティスを追っていたAPOのチームは、彼の計画が想像以上の謎と危険に包まれていることに気付く。
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第3話 犯罪組織シェッド
“物質(サブスタンス)33”と呼ばれる危険な神経ガスが、イスタンブールの研究所から盗まれた。APOは、この盗難に女性のコンピューター･ハッカーが関わっていることを示す監視カメラの映像を入手。ゴードン･ディーンの部下と見られるこの女性の行方を追うために、シドニーたちはプラハへ向かうことになる。ジャックはディクソンの代わりに、新しくチームに加わったトムを任命。だが一匹狼タイプのトムに、シドニーは不安を抱く。一方ナディアの治療法を見つけたスローンは、72時間の外出許可を得てロシアの情報源に会いに行く。
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第4話 モッキンバード
カジノに潜入してゴードン･ディーンに関するデータの入ったアーカイブを回収したシドニー。ところが任務から帰る途中、突然車ごと巨大な磁石のついたクレーンに吊り上げられてしまう。「1時間以内にモッキンバードを返さなければ、車を落とす」というディーンの電話を受けたシドニー。一体モッキンバードとは、何なのか・・・？その3日前、APOではレイチェルがディーンの財務記録にアクセスしようと試みていた。そしていよいよスローンには、特別検察委員会の判決が申し渡される。
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第5話 ルネの秘密
判決の結果、スローンの釈放が認められた。影でその手助けをしたゴードン･ディーンの目的は、スローンをAPOへ復帰させること。そのためにディーンはスローンに接触し、彼の復職を阻んでいるある上院議員への働きかけを促す。一方ルネ･リエンヌは単独でフランクフルトのアメリカ軍倉庫からある薬品を盗み出し、極低温で眠らされている男を蘇生させる。ルネの元を訪ねたシドニーとトムは、生き返った男がプロフェット5に関する重要な手掛かりを握っていることを知る。
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第6話 レイチェルの始動
ディーンの追跡から身を守るために、レイチェルの家族がCIAの証人保護プログラムに入ることになった。家族の人生を奪ってしまったと自分を責めるレイチェルを、シドニーは「愛する人たちを守るため」だと励ます。一方スローンからその報告を受けたディーンは、スローンにレイチェル一家の暗殺を命じる可能性をにおわせ、更にハンガリー人の兵器設計者、ヤノシュ･ヴァックを捜せと要求。APOに復帰したスローンは、ディーンを捕まえるという目的を装い、ヴァックを探す作戦を実行させようとする。
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第7話 目覚めたナディア
昏睡状態が続くナディアに、もはや回復の見込みがないという連絡を受け、窮地に立たされたスローンは、ジャックとシドニーに、自分がディーンと手を組んでいたことを白状する。一方ディーンはスローンに、シドニーとルネがローマ大学の保管庫で入手したアクセスカードを48時間以内に取り戻すよう要求。スローンはAPOに、アクセスカードをエサにしてディーンを捕まえようと持ち掛ける。ところがディーンが拘束されると、スローンは突然不可解な行動に出る。それはほんの一瞬だけ意識を取り戻したナディアと深く関係していた。
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第8話 マイクロパルス爆弾
シベリアで起きた列車事故が、マイクロパルス爆弾によるものだったという情報をつかんだAPO。爆弾の持ち主を追跡することで、プロフェット5に直接たどり着くと考えたジャックは、爆弾の設計者であるルーカス･バザロフという人物が、ブラジルのサンパウロで会議に出席する予定であることを突き止める。そして彼のラップトップ・コンピューターに通信を傍受するソフトを入れるという任務に、レイチェルを指名。一人で現場に向かったレイチェルは、サンパウロのホテルで思わぬ人物に遭遇する。
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第9話 記憶の謎
ペイトンがサンフランシスコでCIAのエージェントを襲い、ヴォーンのファイルを盗み出したことが判明。ペイトンがプロフェット5の一味だと確信したジャックは、スローンにレイチェルの情報分析を監督するように頼み、シドニーをルネ･リエンヌの元へと向かわせる。マドリードの街中でルネと落ち合ったシドニーは、その場で何者かに連れ去られてしまう。誘拐犯たちの目的は、シドニーを実験的な催眠状態に陥らせ、ヴォーンと交わした会話の記憶にアクセスすることだった。
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第10話 胎児の危機
ペイトンの拘束からなんとか逃れたシドニーは、APOへ遭難信号を送る。ところがマーシャルがその内容を聞き終わる前に、何者かによってその通信記録が消されてしまう。CIAの中でも最も高いAB権限を持つ者の仕業であることを突き止めたマーシャル。CIA内の各部のトップ７人の中にプロフェット5の協力者がいると確信したジャックたちは、シドニーからの通信記録を取り戻すために独自の作戦でCIA本部に潜入する。
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第11話 母と娘と・・・
プロフェット5に関係していたCIA本部のダヴェンポートが、イリーナ・デレフコによって暗殺された。CIAのデヴリン支局長は、内部に情報を漏らしたモグラがいると疑い始め、APOのオフィスに捜査の手が入る。デヴリンの目をかいくぐりながら、ジャックは引き続き内緒でプロフェット5に関する情報を集める。シドニーの自宅に現れたイリーナから、バンクーバーの銀行に保管されている“ホライズン”について聞かされたシドニーとジャックは、イリーナとともに3人でその回収へ向かうことに。
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第12話 宿敵の再来
ナディアの治療法について交渉するために、ミンスクでプロフェット5の12人のリーダー達と面会するスローン。ナディアの治療薬をエサにスローンを操るリーダーたちの目的は、シドニーにある任務を遂行させることだった。娘を出産して休暇中のシドニーをおびき寄せるために、プロフェット5はシドニーの宿敵であるアンナ・エスピノーサを使って、ウィルを誘拐。それを知ったシドニーは、ウィルを救出するために、モスクワへと向かう。く
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第13話 47ページの謎
マーシャルは、アンナ・エスピノーサの暗号化された電話が、ジャイプールにあるコールセンターの回線を経由していることを発見。シドニーは暗号化の装置を外すために、ルネ・リエンヌと共にコールセンターへ潜入。一方、プロフェット5との契約が完了したスローンは、やっとナディアの治療薬を手に入れるが、その薬を打つためには、一度ナディアの心臓を停止させなければならなかった。ジャックとディクソンは、治療薬を得るためにスローンがとった行動を洗い出し、頻繁にバルセロナを訪れていたことを突き止める。
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第14話 よみがえった男
ルネ・リエンヌの死体に埋め込まれていたマイクロチップに、“アンドレ・ミショー”という名前が刻まれていた。ヴォーンの本名が刻まれたチップが、なぜルネの体内にあったのか？スローンがプロフェット5の仲間に入り、計画達成を目前に控えた今、謎を解明する手段はただ一つしか残されていない。シドニーはその鍵を握る人物に会うために、ネパールへと向かう。その頃APOでは、電話の雑音に気付いたマーシャルが、全ての通話が盗聴されているとジャックの元へ報告に来る。
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第15話 サンチエロの薔薇
シドニーは自分に扮したアンナを殺し、代わりに追跡装置を埋め込んだマイクロチップをペイトンに届けて相手組織へと潜入する。47ページの暗号の解読を終えたスローンは、“円を完結することができるのは選ばれし者だけ”であると組織に報告。ヴォーンは無事にディクソンと合流し、ネパールに隠れていた理由を明かす。それはプロフェット5の謎に迫った者は命を狙われると気付いたジャックが、敵を欺くためにヴォーンの死を偽装したためだった。
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第16話 ランバルディの遺志
全世界に散らばったプロフェット5のメンバーたちを、一斉逮捕するために動き出したシドニーたち。一方スローンは、ランバルディの洞窟の位置を捜すために、レイチェルとマーシャルを誘拐し、政府の地中透視衛星にアクセスさせる。マーシャルの代わりにAPOで技術サポートをすると申し出たマーシャルの妻キャリーは、シドニーを通じてマーシャルから受けた伝言の中に隠されていた暗号に気付き、彼らの居場所を突き止める。
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第17話 永遠が見える時
テロ組織のベオグラード党がコペンハーゲンのインドネシア大使館を爆破した。奪われたのは、すべての生態系を破壊する威力をもつ生物兵器。これを取り返すために、ディクソンがテログループに潜入する。一方、任務中に核施設で被爆したジャックの身体には異変が現れ始める。シドニーとナディアは、エレーナ･デレフコという伯母について衝撃的な事実を知る。
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ドラマ2023.12.30ファイア・カントリー
コメディ2023.12.28テッド ザ・シリーズ
アクション2023.12.02アートフル・ドジャー
スリラー2023.11.25フル・サークル