青年期のジェームズ・ゴードンと少年期のブルース・ウェインを中心に描いた、ゴッサム・シティを舞台にしたドラマ。ゴッサム・シティ警察新入りのジェームズ・ゴードンはベテラン刑事のハービー・ブロックとペアを組み、トーマとマーサ・ウェインの夫妻殺害事件解決を目指す。捜査中、ゴードンはウェイン家の執事のアルフレッド・ペニーワースに育てられる夫妻の息子ブルースと知り合い、殺人犯逮捕をより一層決意する。
第1話 正義の消えた街
ゴッサム・シティの名士であるトーマス・ウェインとその妻マーサが幼い息子の目の前で殺害された。ゴッサム市警の新米刑事ジェームズ・ゴードンと、パートナーのベテラン刑事ハービー・ブロックが現場に駆けつけると、そこには両親を失った12歳の少年が恐怖に震えていた。そして彼こそが、後に最も愛されるダークヒーローの一人となるブルース・ウェインだった。
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第2話 セリーナ・カイル
ゴードンとブロックは、ゴッサム地区でホームレスの子供たちをターゲットにした児童人身売買組織の調査に乗り出す。組織は誘拐した子供たちを施設に送り込んでいるが、その中には、ある情報をゴードンに提供しようとするセリーナ・カイルがいた。一方、小さな村に姿を現したペンギンこと、オズワルド・コブルポットは、殺人を犯し犠牲者を置き去りにしたままゴッサム・シティを目指していた。
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第3話 バルーンマン
巨額詐欺の容疑者や悪徳警官が気象観測用の気球につながれ、そのまま空中に飛ばされるという事件が相次いで発生する。悪党を懲らしめるヒーローとして犯人を支持する市民が増える中、ゴードンとブロックは未使用の気球の在りかを突き止めようと奔走する。一方、オズワルドはゴッサムに舞い戻り、暗黒街のドンが経営するレストランで働き始めていた。
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第4話 アーカム
ゴッサム・シティの市議会で、アーカム地区の開発計画案を決議するための投票が行われようとしている。だが、2つの計画案の背後には2つのマフィアの勢力争いがあり、やがて市議会議員の殺害事件が起きると、街中が混乱と喧噪の渦に巻き込まれる。ゴードンとブロックは、議会と議員たちの命を守るために全力を尽くす。そんな中、ゴードンのもとに“古い友人”が訪れる。
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第5話 負の遺産
ゴッサム・シティの路上で新しい謎の薬物が出回る。薬物依存症の多くがその薬物を摂取し、絶大なる多幸感とパワーを味わった後、突然死んでしまう。薬物の出所を必死に探すゴードンとブロックは、恐ろしい勢いで死んでいく人々を目の当たりにし、愕然とする。そんな中、オズワルドはマローニたちに取り入り、ムーニーはファルコンに対する陰謀を企んでいた。
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第6話 ヤギの悪魔
ゴッサム・シティで富裕層の第一子が殺害されるという事件が起きる。犯行の手口といい、被害者の出自といい、それは過去にブロックが関わった殺人事件に酷似していた。事件は、ブロックにとってトラウマになるほど衝撃的で忌まわしい記憶だ。そんな中、裕福な家庭の娘が連れ去られる。一方ゴードンの前にも、彼の忌まわしい記憶を呼び覚ます人物が現れる。
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第7話 ペンギンの狡計
ゴッサム・シティではマローニとファルコンによる勢力争いがますます激しくなり、彼らの暴力的な報復合戦もエスカレートし続けていた。そんな中でペンギンは、自分が持っている情報を小出しにし、巧みな策略を練りながら徐々にマフィアの内部へ入り込んでいく。そしてゴードンは“ペンギンを生かしておく”という過去に下した決断のため窮地に陥るのだった。
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第8話 仮面に隠された狂気
ひどく殴られた男の死体が発見される。死体の口の中からは噛み切られた親指が見つかる。現場に駆けつけたゴードンとブロックに、犯人の動機が一体何なのかという大きな疑問が湧き起こる。そして捜査を進めるうちに、思いもよらない犯人像と犯行現場が浮かび上がる。一方、長い間自宅に閉じこもっていたブルースは、やっと学校に通い始めるが、友達を作れず孤立していた。
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第9話 ハービー・デント
ウェイン夫妻殺害事件に決着をつけようとする若き検事補のハービー・デント。ゴッサム・シティをめぐる犯罪の回路を断ち切ろうとしているデントは、犯人だと確信している人物を追い詰めようとしていた。そしてデントは、ゴッサム市長と組むことをゴードンに勧める。そんな中、ペンギンは、ムーニーが秘密兵器として育て上げたクラブ歌手のライザに接触していた。
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第10話 幼き逃亡者
ウェイン邸に身を隠しているセリーナのもとへ、突然殺し屋がやって来る。セリーナは、アルフレッドが殺し屋に対応している間にブルースと一緒に屋敷から抜け出すことに成功するが、そこから始まる逃走は2人を絶体絶命の危機に陥れる。一方、セリーナの居場所が漏れていたことを不審に思っていたゴードンは、ある過失のためにアーカム・アサイラムへ異動になる。
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第11話 操り人形
囚人たちはケンカし、守衛は殺害される…。降格され異動したばかりのゴードン刑事は、アーカム・アサイラムで波乱に満ちたスタートを切っていた。守衛の事件が発端となり、殺人犯を突き止めるために調査を始めたゴードンは、やがてドクターのレスリー・トンプキンスに行きつく。そんな中、オズワルド・コブルポットは、着々と狡猾な小悪党になりつつあった。
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第12話 電気処刑人
アーカム・アサイラムからジャック・グルーバーという男が脱走する。グルーバーは、精神こそ混乱しているが電気に関しては天才だ。一方ゴードンは、グルーバーを捕まえることを条件に元の仕事に復帰させてほしいと願い出る。そんな中、ファルコンは、自分が今いる権力の座にまた一歩近づいてくるムーニーを前に、“帝国”を保ち続けることの難しさを感じ始めていた。
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第13話 警察の闇
殺人事件が起き、ゴードンは犯人像を描き出すため目撃者の協力を要請する。だが本部に来ていた目撃者は、何者かに殺されてしまう。ゴードンは内部の警察官の仕業だと確信し“旧友”から情報を得ようとする。そんな中、オズワルド・コブルポットは、フィッシュ・ムーニーにとって掛け替えのない大切なものを支配下に置くことで、彼女に報復しようとしていた。
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第14話 究極の恐怖
フィッシュ・ムーニーが、とうとうオズワルド・コブルポットの秘密を暴こうとする。ムーニーはマローニに、オズワルドを旅に連れていき忠誠心を試すようにと促したのだ。一方、ゴードンとブロックは,、重度の恐怖症を持つ人を狙った殺人犯を追跡し捕まえる。だがゴードンは、ウェイン夫妻殺害事件の解明が進展していないことをブルース・ウェインに厳しく指摘される。
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第15話 スケアクロウ
ゴードンとブロックは、ジェラルド・クレインという生物の教師の犯行を阻止しようとする。彼は、人を殺し、その被害者から皮膚や粘膜など体の分泌腺を摘出していたのだ。一方ムーニーは、さらなる権力を得ようと策略を練る。そしてファルコンは、ペンギンの処し方についてマローニの計画を変えさせようとする。そんな中、ブルースが危険なハイキングに出かける。
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第16話 笑う男
ゴードンは、ドクターのレスリー・トンプキンスをサーカスに連れていく。だが、サーカスが何者かによって襲撃されたため状況は一変する。一方、ムーニーが他の仕事で忙しくしている間、ファルコンは、ナイトクラブでペンギンを手伝うよう、ブッチ・ギルジーンに要請する。そんな中、ブルース・ウェインは、ウェイン財団の理事会を開く計画を立てる。
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第17話 レッドフード
赤い目出し帽を被った男とその一味、レッドフードが銀行強盗を犯し、ゴードンとブロックは、早速調査を開始する。だがゴッサム市民の間では、銀行で奪った現金を路上でばらまくレッドフードを歓迎するムードすら漂い始めていた。そんな中、セリーナはバーバラとの絆をますます深めていく。一方ムーニーは、暗黒街での地位を取り戻そうと奮闘していた。
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第18話 それぞれの弱み
ゴードンは、ローブ本部長との間で最近論争となっている問題に関して、できる限りの情報を集めようとしている。その頃ムーニーは、あるドクターに協力する目的で彼のもとを訪れたため、彼女と刑事被告人たちとの関係について疑いの声が上がっていた。そんな中、ウェイン邸の近所で襲撃事件が起こり、ブルースは事件後の対処をしなければならなくなる。
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第19話 街に巣食う鬼
ゴードンとブロックは、迷宮入りしていたある事件の調査を開始する。かつてゴッサム・シティを震撼させたその事件には“オーガ”と呼ばれる連続殺人犯が絡んでいる。オーガは、常に若い女性だけを狙ってきた。そんな中、ムーニーは、ドールメーカーから逃れるために画策し、ブルースとセリーナは、レジーという人物に立ち向かう。
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第20話 オーガの正体
引き続き“オーガ”事件を捜査しているゴードンとブロック。“オーガ”はゴードンと近しい関係にある誰かに近づいていた。一方、ブルースとセリーナは協力して、買収されているウェイン・エンタープライズの社員を探し出そうとする。
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第21話 狡計の行方
オーガが、バーバラの感情を崩壊させ彼女をボロボロにしてしまう。ゴードンとブロックは、どんなことをしてでもオーガを捕らえようと懸命に追跡する。一方ペンギンは大虐殺を先導し、それが大きな戦争の始まりとなる。そんな中、ブルースはウェイン財団に関する驚きの事実を知り、ニグマは、最近起こした自分自身の行動に対処せざるを得なくなる。
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第22話 街の存亡
ゴッサム・シティのギャングたちの戦いの激しさが頂点に達し、フィッシュ・ムーニーはついに、マローニとペンギンの2人と直接対決する。一方、バーバラ・キーンとレスリー・トンプキンスは、ある出来事をきっかけにますます親密になる。そんな中、ブルース・ウェインは、父が何かを残しているのではないかと調査を始める。シーズン・フィナーレ、善と悪の大激戦!
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第1話 大義のために
ゴッサム市警で大改革が行われた後、ペンギンがゴッサム・シティの闇社会で最高権力の座を獲得する。ジェームズ・ゴードンは、ある理由でペンギンの助けを求め、自身のモラルの指針が揺らぎ始めたことを恐れていた。
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第2話 悪の侵食
復職したゴードンは注目を浴びている事件に着任する。それは、アーカム・アサイラムから命懸けで脱出した受刑者の追跡だ。一方、ブルースは父の部屋にまつわる秘密を解き明かすため、父の旧友に協力を求める。
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第3話 最期の笑い
ゴードンとブロックは、深い因縁のある相手を追い詰めるが、これがきっかけでジェロームとゴードンの間には埋められない溝ができてしまった。一方、ゴッサム子供病院では、子供たちのために祭りが催されるが…。
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第4話 アルファ部隊
法と秩序を守るための組織作りを託されたナサニエル・バーンズ警部は、乗り気でないゴードンとタッグを組もうとする。一方、ギャラバンに致命的な弱みを握られたペンギンは、彼の計画に協力せざるを得なかった。
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第5話 粛清
ギャラバンとペンギンが手を組み、ゴッサム・シティの危険なファミリーに協力する。その中でペンギンは、ギャラバン家の秘密、すなわちウェイン家との確執が何世紀にも及んでいることに気付くことに。
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第6話 運命の炎
ブリジット・パイクは兄たちと再び行動を共にしていたが、抑圧的な彼らから逃れ、自分の未来は自分自身で決めたいとの思いを抱き始めていた。一方クリングルとニグマの関係は、新たな段階に進みつつあった。
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第7話 覚醒
ペンギンと手下たちは、ブッチ・ギルジーンに導かれてある倉庫へ行くが、そこにペンギンの母が捕らえられていた。ペンギンは、ゴッサム・シティの新しい市長、テオ・ギャラバンの仕業だと思い、復讐を企てる。
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第8話 ブルースの決断
ギャラバンは、ブルース・ウェインとビジネス上の取引をしようとしていたが、そこにジム・ゴードンという邪魔者がいることに気付く。ギャラバンは、ゴードンを追いやるため、バーバラを彼の元へと送り込む。
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第9話 黒い友情
悪を一掃するため懸命な捜査を続けているゴードンは、ついにゴッサム・シティの最も危険な殺し屋、エドアルド・フラミンゴと顔を突き合わせる。そんな中、久々に再会したニグマとペンギンは、悪だくみをめぐらせる。
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第10話 ゴッサムの息子
若い警官が殺され、彼の葬儀に出席したゴードンは、沈黙の中に怒りをたたえていた。ゴードンは、ゴッサム・シティに蔓延する暴力とギャラバンとの接点に近づきつつあるが、核心を突くことができずいら立っていた。
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第11話 正義と使命
ウェイン家に恨みを持つ者によってブルース・ウェインが誘拐された。ゴードンはブルースを救おうと奔走するが、そのためには意外な人物、しかも油断のならない危険人物にも援助を求める必要があった。
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第12話 ミスター・フリーズ
ペンギンがテオ・ギャラバンを殺害したことを認めたため非難を浴びる。一方ゴードンとブロックは、ゴッサムの傑出した低温化学専門家のビクター・フリーズが関与している死体窃盗事件について調査を始める。
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第13話 愛の結末
ビクター・フリーズを捜しているゴードン、ブロック、そしてバーンズ。彼らはフリーズを捕まえるため、彼の妻に助けを求めることを余儀なくされる。一方ペンギンは、ヒューゴ・ストレンジ教授と知り合い…。
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第14話 マローンという男
アルフレッドとセリーナの協力のおかげで、ブルースはついに両親を殺した男・マローンと対峙する。一方ゴードンは、クリステン・クリングルの居場所を突き止めるべく、エドワード・ニグマを追及した。
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第15話 ニグマの罠
ゴードンとブロックは、美術館強盗事件で残されたある手掛かりを追跡していた。一方ゴードンは、匿名の人物から、ギャラバンが殺された方法をばらすと脅される。その頃、旧友を訪ねたペンギンが父親に会い…。
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第16話 偽りの家族
保護拘留下ではなくなったゴードンは、刑務所の中の新たな脅威と危険に直面していた。一方ペンギンは、自分の父親との距離をさらに縮めていく。そんな中、ペンギンの継母と義理の兄妹たちがある計画を進めていた。
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第17話 無実の証明
ゴードンは身の潔白を証明するため、自分で自分の事件簿を盗み、エドワード・ニグマに接近して助けを求めた。一方ペンギンは、継母と義理の兄妹たちが、父の死に関してどんなことをしたのかを発見する。
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第18話 パインウッド
アーカム・アサイラムを去った後、バーバラはゴードンと仲直りしようと努力する。一方ブルース・ウェインとアルフレッドは、キメラ・プロジェクトを進めていたトーマス・ウェインの旧友の1人を見つけ出すが…。
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第19話 アズラエル
ゴードンとブルースは、キメラ・プロジェクトについての真相に迫るため、ヒューゴ・ストレンジ教授を問いただす。これを受けて、教授は新たに復活したギャラバンをゴードンの元へ送り込み、彼と対決させようとした。
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第20話 放たれた悪魔
アズラエルがいつの間にかゴッサム・シティに現れた。アズラエルの復活を知ったペンギンは強い復讐の念を抱く。一方、違法な実験を繰り返していたストレンジ教授は、法の目をくぐり抜けて逮捕を逃れようとしていた。
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第21話 救出作戦
ストレンジ教授がある人物をゴッサム・シティに迎え入れる。彼は、インディアン・ヒルでフィッシュ・ムーニーを蘇らせたのだ。一方ブルースは、危険に陥っている友人をゴードンらと手を組んで救おうとする。
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第22話 地下に眠る怪物
ゴードン、ブルース、ルーシャスがインディアン・ヒルに留まる中、ゴッサム・シティは新たな脅威と直面する。ストレンジ教授の研究所に収容されている者たちが、逃亡して新しい人生を歩もうと目論んでいたのだ。
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第1話 狂気の街
ゴードンは、インディアン・ヒルの脱走者たちが「自身の能力で殺されるのだろうか」、ということを突き止めようとする。一方、ブルースのドッペルゲンガーが現れ、バーバラとタビサはナイトクラブをオープンする。
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第2話 怪物狩り
フィッシュ・ムーニーは、ヒューゴ・ストレンジの行方を探る。ゴードンは、ムーニー発見のため、ジャーナリストのバレリー・ベールと仕方なく手を組む。また、ゴッサム市警を批判したペンギンの人気は高まり…。
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第3話 催眠術師
催眠術師、ジャービス・テッチが、妹・アリスを捜すためにゴッサム・シティにやって来る。ジャービスはアリスを見つけるためにゴードンを雇った。一方、ペンギンは、市長選挙立候補の決意を固める。
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第4話 復讐の狼煙
市長への当選が確実視されるペンギンは勢力をさらに拡大。アリスを捕らえたゴードンは、賞金首として彼女をゴッサム市警に突き出す。一方、ブルースとアルフレッドは、ドッペルゲンガーを捕らえようと奔走する。
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第5話 レッドフード再び
ゴッサム・シティの犯罪率が過去最悪を記録し、ペンギンは市長選での公約を守るために奮闘。一方、ブッチは、悪名高きレッドフードと一緒に悪の道へ進む。ブルースは、アイビーの行方について調査を開始する。
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第6話 白ウサギ
マッド・ハッターが次のターゲットに狙いを定めたことにより、ゴードンはいくつかの厳しい決断を下すことになった。一方、ペンギンとニグマの関係は新展開を見せる。また、ニグマにとって懐かしい人物が再び現れる。
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第7話 赤の女王
ゴードンはマッド・ハッターが作ったある物に触れ、サイケデリックな旅へと引き込まれ、自分の過去、現在、未来に向き合わなければならなくなる。一方、ペンギンは、ニグマの新たな関係について頭を抱える。
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第8話 ウイルスの囁き
事件の影響によって、バーンズ警部は気が変になってしまう。一方、ニグマは、イザベラとの深い関係に終止符を打った。カーマイン・ファルコンは、リーとマリオのために婚約披露パーティーを開くが…。
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第9話 処刑人
バーンズに対して疑念を抱くゴードンとブロックは、リーとマリオの婚約披露パーティーで起きた殺人事件をとことん捜査。また、イザベラからの連絡が途絶えてしまったニグマは、ペンギンの元を訪ねる。
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第10話 破滅の足音
マリオとリーは、結婚式のリハーサルディナーを翌日に控え、脅威にさらされてしまう。そこでファルコンはゴードンに助けを求める。一方、ニグマは復讐を企てる。ブルースは梟の法廷に関して、より多くのことを知る。
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第11話 怪物の覚醒
ウイルスがゴッサム・シティに広がりを見せ、治療薬を開発する研究室が危険にさらされる。また、結婚式の前にマリオとゴードンが対立。一方、セリーナは意外な人物と会う。バーバラは、ニグマを訪ねるが…。
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第12話 過去の亡霊
ゴードンがマリオを撃ったと知ったファルコンはゴードンに一撃を食らわす。ゴードンとブロックは、ジェロームを蘇生させようとする者を見つける。一方、ペンギンはテレビのインタビューを前に窮地に陥る。
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第13話 甦る狂気
ドワイトは、ジェロームを蘇らせ、ゴッサム・シティにいるジェロームの崇拝者たちを再び立ち上がらせようとする。一方、セリーナの母の目的が判明する。また、ペンギンとニグマの権力闘争が激化する。
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第14話 サーカスの夜
ひたすら獲物を追い、その命を奪うことしか考えていないジェロームが街に放たれた。これにより、ブルースとアルフレッドは危険にさらされる。そんな中、ゴードンの叔父・フランクが彼を訪ねてくる。
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第15話 リドラーの誕生
もうペンギンの助けは必要ないと感じたニグマは、ゴッサム・シティでリドラーと名乗り始める。一方、ブロックとルーシャス・フォックスはニグマの心理戦に巻き込まれ、ゴードンは父の死についてある情報を得る。
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第16話 ペンギンの復活
梟の法廷は、ゴッサム・シティの未来に関係する新たな計画を立てる。その頃、ゴードンは、自身の父と叔父の過去についての情報を突き止める。また、父と叔父が梟の法廷と何らかの関係があったことも知る。
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第17話 梟(ルビ:フクロウ)の法廷
Mr.フリーズやファイアフライら、ゴッサム・シティで最も凶暴な悪党たちの何人かが団結。そんな中、リドラーは引き続き街を支配。一方、答えを探すゴードンは、どんな道を進んでも梟の法廷へと戻ってきてしまう。
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第18話 兵器の正体
ゴードンは、梟の法廷がゴッサム・シティを壊滅させるために使おうとしている秘密兵器がどのようなものであるかを突き止める。ところが、捜査を進めるうちに次第に危険な道へと引き込まれてしまう。
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第19話 罪と罰
テンプル・シャーマンは、ブルースに今後の計画について明らかにする。これにより、ブルースの訓練は次の段階へと進んだ。一方、ゴードンとブロックは、クリスタルのフクロウに出くわし危機にさらされる。
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第20話 放たれた狂気
ゴードンはアリス・テッチ・ウイルスからゴッサム・シティを死守しようとるが、時間との戦いを余儀なくされる。一方、アルフレッドは、シャーマンの訓練を受けたブルースが著しく変化していることに気が付く。
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第21話 本当の自分
致死性ウイルスが街中に広がり、解毒剤が求められる中、フィッシュ・ムーニー、リドラー、ペンギンは自分たちの計画を明らかにする。ブルースはラーズ・アル・グールに会い、運命に従って最後の仕事を全うするが…。
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第22話 希望の光
ゴードンは、レスリー・トンプキンスの愛を取り戻そうと懸命になる。また、ゴッサム・シティでは同盟関係が崩れていってしまう。だがしかし、ゴッサム・シティではまた新たな同盟関係が結成されていき…。
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第1話 犯罪許可証
ゴードンは、生きながらえてゴッサム・シティに戻ってきたジョナサン・クレインの存在を恐れる。連続強盗事件で使用されたものが、スケアクロウの“恐怖心を増幅させる薬物”だったからだ。一方、街で違法行為の“犯罪許可証”を発行するペンギン。その許可証が、ペンギンのアイスバーグ・ラウンジのオープニング・パーティーで思わぬ面倒を招くことになる。また、ラーズ・アル・グールとの一件の後、ブルースは街の犯罪の監視を始める。
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第2話 恐怖の死神
ゴッサム市警の力が健在であることを証明しようとするゴードン。そのためにジョナサン・クレインを捜し出そうとするが、ゴッサム・アサイラムで危険な目に遭う。ゴードンは、収容者たちだけでなく、自分の中に潜む恐怖にも打ち勝たなければならない。一方、予期せぬバーバラの登場に驚くセリーナとタビサは、バーバラの武器ビジネスに加わるかどうか、そのリスクを考えなければならなかった。
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第3話 動き出した歯車
ゴードンは、ペンギンと戦うためにカーマイン・ファルコンの力を借りようと、ファルコンのいるマイアミに向かい、そこで彼の娘ソフィア・ファルコンと出会う。意外なことにソフィアは、ゴードンを追ってゴッサム・シティに来る。一方、ペンギンの貴重な武器を巡り、アイスバーグ・ラウンジでのオークションは競り合いとなる。ペンギンは、オークションでのブルースの動きに着目する。
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第4話 ラーズ・アル・グール
貴重な短剣をオークションで手に入れたブルース。その短剣に隠された謎について、自然史博物館の歴史学者ナイルス・ウィンスロップ博士と、博士の孫アレックスに調査を依頼する。だがその結果、彼らの命を危険にさらしてしまう。一方、ラーズ・アル・グールは自分の目的を達成させるためなら、どんな恐ろしい手でも使うことを見せつける。また、ゴッサム・シティに来たソフィアは、ペンギンから街を取り戻すための作戦を開始する。
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第5話 ソロモン・グランディ
ブッチ・ギルジーンと再会するニグマ。だが、ブッチは以前とは違っていた。本来の力と自分自身を取り戻そうともがくブッチ。ニグマはかつてのパートナーの実力を試すことにする。一方ソフィアは、ペンギンの弱みを突くことで自らの身を守ろうとする。また、短剣の力を使って大胆な行動に出るブルースに周囲が驚かされる。
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第6話 豚のマスク
連続殺人犯を懸命に追うゴードンとブロック。犯人は警察官を殺し、その犯行の印として被害者の頭にブタの頭部をかぶせていた。一方、ソフィアはペンギンからの信頼を得ようとする。トンプキンス、ニグマ、グランディことブッチは意外にも、チェリーのファイトクラブに自分たちの居場所を見つける。
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第7話 決別
プロフェッサー・ピッグによってゴッサム・シティは恐怖に陥る。ゴードンとブロックは手掛かりを求めてナローズ地区に向かう。一方、旧友のグレースと再会するブルース。グレースはブルースを昔のクラスメートたちとの夜遊びに誘う。ソフィアとペンギン、そしてソフィアとゴードンとの関係は、それぞれ発展していく。
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第8話 ゴードン警部
グランディ(ブッチ)とニグマは、チェリーがナローズ地区で経営するファイトクラブの目玉になる。そのリング上でニグマが自分のまねをしていることを聞きつけたペンギンは、ニグマを懲らしめるためにセイレーンのバーバラとタビサに協力させる。一方、ゴードンはゴッサム市警警部への昇進を提示されるが、それによってブロックとの間に確執が生じる。
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第9話 恐怖の晩餐
プロフェッサー・ピッグは、事あるごとにゴードンを巻き込みながらゴッサム・シティを苦しめ続ける。養護院の支援者向けパーティーの準備をするソフィアとペンギンだが、プロフェッサー・ピッグがシェフとして現れると、パーティーは計画どおりには進まなくなるのだった。一方、品行の悪くなったブルースとアルフレッドとの関係にひびが入る。
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第10話 吹き荒れる嵐
ゴードンは、ソフィアに関する取引をペンギンと交わす。一方ブルースは、10代特有の不安感と負のスパイラルに陥り、もがく。そんなブルースを見てアルフレッドは、ブルースの心を動かそうと試みる。また、レスリー・トンプキンスは、ナローズ地区でますます支配力を持つようになる。
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第11話 ゴッサムの女王
カーマイン・ファルコンがゴッサム・シティにやって来たことで、ゴードン、ソフィア、ペンギンの関係性が複雑になる。一方、ブルースの目を覚まさせるために、アルフレッドは賭けに出る。ニグマはリドラーとしての自分を取り戻そうともがき、タビサはグランディ(ブッチ)に過去を思い出させようとする。そんな中、おなじみの笑い顔がゴッサム・シティに再び現れる。
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第12話 ポイズン・アイビー
おもちゃ店の店主が、ゴッサム・シティの医師殺しを依頼され、その現場にゴードンが乗り込む。レスリー・トンプキンスは、パートナーのニグマと共にナローズ地区の再建を試みる。一方、アルフレッドはナローズ地区で難しい新生活を強いられ、アイビーは自分の新しい力をセリーナに披露するのだった。
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第13話 ラザラスの水
アイビーは、ウェイン・バイオテックの極秘プロジェクトを追い、情報を得られそうな人物を手当たり次第に狙う。一方、アーカム・アサイラムではジェロームがペンギンに執拗に絡む。また、ゴードンはソフィアとの取引を悔やみ始め、ブルースは次から次へと続く不穏な幻覚に動揺する。
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第14話 和解
次のターゲットを狙うアイビーを追うゴードンとルーシャスは、古い友人のもとを訪れる。セリーナは自分の力で事を解決しようと動く。そんな中、ゴッサム・シティを完全に支配したいソフィアは、ナローズ地区のことでレスリー・トンプキンスに話を持ちかける。一方ブルースは、アルフレッドとの関係の修復を試み、ニグマはアーカム・アサイラムに向かう。
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第15話 復讐の行方
ブロックとゴードンは、ソフィアのゴッサム・シティ支配の鍵となる人物を追う。一方、復讐を企てるペンギン、レスリー・トンプキンス、ニグマの間には、奇妙な同盟関係が生まれてくる。そんな中、アイビーと共に実行したことの罪悪感を取り除きたいセリーナは、ブルースにある頼みごとをする。
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第16話 集団催眠
アーカム・アサイラムの囚人たちが脱走する。その脱走計画を企てた最も凶悪な悪党にゴードンとブロックは苦戦する。一方ブルースは、脱走者たちの計画を阻止しようと独自の戦略を立てる。そんな中、バーバラは断ることができない使命を受けることになる。
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第17話 ザンダー・ワイルド
ゴードンとブロックは、次のターゲットに狙いを定めるジェロームを追う。一方、ナローズ地区のリドル・ファクトリーでなぞなぞショーを開催しているニグマは、手ごわいレスリー・トンプキンスと勝負する。そして、ペンギンはブッチにある話を持ちかける。
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第18話 ジェローム・ショー
依然としてゴッサム・シティで暴れ回るアーカム・アサイラムの脱走者たち。彼らを捕まえることは、ますます困難になっていく。ゴードンは作戦を立てるが、やむを得ずブルースに助けを求める。一方バーバラは、新しい仲間たちが自分のためにどこまで命令に従うのかを知る。
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第19話 ラーズの復活
ゴッサム・シティで、複数の銀行支店が襲われるという強盗事件が起こる。ゴードンとブロックは、事件を背後で巧妙に操る黒幕を追う。一方、危機に陥ったバーバラを救うために、タビサは誰かに助けを求めなければならなくなる。
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第20話 もう1つの顔
大規模な街の乗っ取りによって、大混乱に陥るゴッサム市警本部。その背後にいる悪党を追って、ゴードンは奔走する。一方、ブルースの仲間は被害妄想に駆られ、無謀な破壊行動に出る。
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第21話 最悪な一日
完全に無秩序状態と化したゴッサム・シティ。そんな街を救うため、意外な人物たちが手を組んで危機に立ち向かう。ブロックがゴッサム市警の指揮を執る一方で、仲間たちが危険にさらされたブルースの精神力が試される。
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第22話 闇と光
<フォース・シーズン>、フィナーレ。ジェレマイアはゴードンに、ゴッサム・シティにさらなる破滅が訪れると警告する。その結果、ゴードンは危険極まりない決断を下さなければならなくなる。一方、バーバラはチームを結成し、自分の地位を強める。悪の世界の同盟関係が変わり、誰も信じられなくなったためだった。そしてブルースには、自分の未来の姿を受け入れる時がやって来る。
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第1話 無法地帯
橋が爆破され立入禁止が宣言されてから無法地帯となったゴッサム・シティ。犯罪者や殺人者が幅を利かせ、力を持つ者が各エリアを縄張りにしていた。ゴッサム市警は本部の周辺を管理、150人ほどの住民を保護して食料を提供していたが、ある日、食料庫がスケアクロウに襲われ食料を盗まれてしまう。ゴードンは州政府に食料を届けるよう依頼するが…。
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第2話 街を蝕む悪
ゴッサム市警に助けを求めにきた少年ウィルは、自分と一緒に働かされている子供たちを助けてほしい、とゴードンに訴える。ゴードンはゴッサムじゅうのヴィランに命を狙われていたが、バーバラにトラックを借りてウィルが働かされていたという場所へ向かう。一方、脊椎を損傷して歩けなくなったセリーナのために、ブルースは魔女に会いに行く。
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第3話 ヘイブンのヒーロー
ゴッサム市警が安全地帯ヘイブンを用意したことを聞きつけた市民が、続々とヘイブンに集まってくる。ゴードンは、ギャングたちの争いを止めたいと願う。一方、すっかり元気になったセリーナは、自分を撃ったジェレマイアを捜すために病院を抜け出し、ブルースに協力を求める。ペンギンは、逃げた手下たちを取り返すためにヘイブンへやって来る。
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第4話 容疑者
ヘイブンが何者かに爆破され、多くの犠牲者が出る。犯人逮捕のために、ゴードンはペンギンと手を組むことになる。捜査の結果、爆発の原因は外からロケット弾を撃ち込まれたためだということがわかる。ルーシャスとの取引で爆発原因の解明に協力したニグマは、自分に関する恐ろしい事実を知る。そんな中、セリーナはついにジェレマイアを見つけ出す。
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第5話 真の敵
エドアルドが率いる軍隊がゴッサムへ救援にやって来る。ゴードンはロケット弾を購入したのがニグマだと知り、エドアルドと共にニグマのもとへ。ゴードンたちの手を逃れたニグマは、自分の奇行の原因はペンギンのせいだと気づく。ニグマが市庁舎に入ったという情報をつかんだゴードンは、ブロックとエドアルドを市庁舎へ向かわせる。
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第6話 第2段階
ニグマを殺せというエドアルドの命令を拒否したゴードンは、逆に命を狙われる。エドアルドの軍隊に対抗するため、ゴードンはブルースたちの協力を得たうえで、バーバラとニグマと手を組む。エドアルドは、レスリー・トンプキンスとニグマを交換することを提案する。一方ペンギンは、マグパイに盗まれたダイヤを取り戻すために、セリーナと手を組む。
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第7話 エース化学
胸に“Z”の文字が刻まれた男たちの遺体が発見され、ゴードンは捜査を開始する。アルフレッドが行方不明になり、ブルースは不眠不休で彼を捜す。通りで両親にそっくりな男女の人影を見つけたブルースが2人のあとを追っていくと、そこへアルフレッドとジェレマイアが現れる。一方セリーナは、ジェレマイアが手下にトンネルを掘らせていたことを思い出す。
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第8話 過去のあやまち
セイレーンで、引退した元刑事2人が殺される。容疑者はブロックの元相棒だった。真犯人を追うブロックの脳裏に過去の事件が蘇る。ブルースは、シェルターの地下道から逃げてきた女性に夫を捜してほしいと頼まれ、アルフレッドと共に地下道へ向かう。一方ニグマはペンギンと手を組み、ゴッサムから脱出するための潜水艦を作り始める。すると、そこに意外な人物が現れる。
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第9話 ゴードンの決意
限られた飲料水をめぐって争うゴッサムのギャングたち。州政府にゴッサム市警が機能しているところを示すために、ゴードンはギャングたちに休戦の提案をするが、その説得中に狙撃されてしまう。一方、ブルースとセリーナが2人でいるところにアイビーが現れ、ブルースに香水にかがせてどこかへ連れ去る。そんな中、ゴッサム市警本部の前にザーズが現れる。
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第10話 ベイン
ギャングたちの休戦が実現する。水の毒性レベルも下がってきたことで、ようやく本土からの支援がやって来るが、ゴードンとブルースの前に、ストレンジ教授によって改造され復活したエドアルドが現れる。ゴッサムを混乱に陥れた真の黒幕とその理由がついに明らかになり、ニグマの潜水艦が完成する。そんな中、妊娠中のバーバラが産気づく。
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第11話 ゴッサムを救え
ベインは軍隊を引き連れ、ゴッサムを破壊するという最終計画を実行に移す。ゴードンは、ベインの軍隊からゴッサムを死守することを決意する。一方、ナイッサ・アル・グールはバーバラとバーバラの赤ん坊を誘拐。バーバラから赤ん坊を奪い、自分がアル・グールの子として育てると宣言する。ブルースは、ゴッサムを守るためにウェイン産業のビルを爆破する。
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第12話 ビギニング
10年後のゴッサム。新たなウェイン・タワーの落成式のために、ブルースがゴッサムに帰ってくることになる。だが、落成式のパーティー会場には爆弾が仕掛けられていた。そして、バーバラとゴードンの娘が誘拐される。娘を助けに行ったゴードンは、誘拐犯の攻撃を受けて絶体絶命のピンチに…。その時、ゴッサムが求めていたヒーローが、ついに姿を現す。
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