24世紀初頭。辺境の惑星ベイジョーは、近くでワーム・ホール(銀河系を結ぶトンネル状の近道)が発見されたため、銀河の果ての、未踏の地への入り口として戦略的重要拠点となった。30年あまりの間、カーデシア人の侵略を受けた惑星ベイジョーの人々は、壮絶な戦闘の末、彼らを撃退した。しかし、その美しかった国土は焦土と化し、資源は全て搾取され、惑星内の情勢は不安定であった。また、カーデシア人の前線基地だった宇宙ステーション“ディープ・スペース・ナイン(DS9)”は防衛機能などの最新設備が破壊されたまま放置された。地球を中心とする150の文明が同盟を組んだ『惑星連邦』は、惑星ベイジョーの連邦加盟のため地球人ベンジャミン・シスコを司令官に任命し、“DS9”に派遣する。ベイジョー奪還をもくろむカーデシア人に包囲され、宇宙探検家、商人、スパイなどさまざまな航行者が行き交う混沌とした宇宙ステーションを舞台に、シスコ司令官ほかクルーたちの活躍を描く。
スタートレックシリーズ第3作。「スタートレック」シリーズの中でも異色作で、シーズンを重ねるごとに熱心なファンを数多く獲得。全米で7年間にわたり放送され高視聴率を獲得した。TV界のアカデミー賞と言われている。
第1話 聖なる神殿の謎~パート 1~
3年前のボーグとの戦いで妻を失ったベンジャミン・シスコ中佐は、息子のジェイクを連れて宇宙基地ディープ・スペース・ナインに赴任した。彼はベイジョー星の預言者カイ・オパカに不思議な発光体を渡され、それを手がかりに「テンプル」を探せと告げられる。
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第2話 聖なる神殿の謎~パート 2~
テンプルを調査すべく現地へ行ったシスコとダックスは、その正体、ワームホールへ吸い込まれ奇妙な生命体に身体を拘束される。一方、DS9はカーデシアに占領される前にワームホールの所有権を得ようと現地へ。しかし、ワームホールは見当たらず……。
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第3話 “スペース・テロリスト”ターナ・ロス
レジスタンスの元同志ターナをカーデシアの手から保護したキラは、テロ集団コー・マから足を洗ったという彼のために、特赦をとりつける。しかし、実際は脱退していないターナは……。一方、ベシアーはDS9にただ1人残っているカーデシア人ガラックと親しくなり、ターナの企みを知る。
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第4話 宇宙ステーション殺人事件
保安主任オドーはクワークのバーで客の中に極悪人のイブダンを見つけ、追放しようとしてもみ合いになる。その後、ホロスイートでマッサージを受けていたイブダンが、何者かに刺し殺される事件が起こった。現場検証の結果、オドーのDNAが発見され、彼が重要参考人となる。
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第5話 恐怖のウイルス
DS9で伝染病が発生。オブライエンから始ったこの奇妙な病気は、神経の言語伝達経路に異常をきたし、自分が伝えようとする言葉を口に出すと全く違う言葉が出てきてしまう。あっという間にステーション中に蔓延したこの病気は、進行すると自律神経まで侵され、死が迫ってくるのだ。
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第6話 ワーム・ホールから来たエイリアン
ワームホールを通り抜け、ガンマ宇宙域から初めての来訪者が訪れた。名前はトスク。宇宙船が故障しているため、オブライエンが修理を申し出るが、トスクは自分の事情を何も語ろうとしない。そんなある日、トスクを追ってワームホールからエイリアンたちが現れる。
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第7話 超生命体“Q”
ワームホールから帰還したダックスのシャトルには、考古学者バッシュが乗っていた。彼女は2年間、ガンマ宇宙域を旅していたという。ワームホールを通らずにどうやってガンマ宇宙域へ出たのか、シスコは疑問に思うが……。
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第8話 共生結合体生物“トリル族”
ある日、3人のエイリアンがDS9に現れ、ダックスを連れ去ろうとする。3人はダックスを国家への反逆及び、彼らの母星の英雄アーデロン・タンドロ将軍を殺害した容疑で、自分たちに引き渡すよう要求する。3人のうちの1人は、タンドロ将軍の息子であるアイロン・タンドロだった。
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第9話 宇宙囚人バンディカ
キラとベシアーがシャトルで宇宙を航行中、カジャダからSOSが入る。駆けつけた2人はカジャダと、彼女が護送していた囚人バンディカをシャトルに収容する。カジャダたちはコブリアド人で、バンディカはDS9に運ばれてくるデューリディアムを奪おうと狙っていた。
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第10話 死のゲーム
ガンマ宇宙域からDS9にワディ族がやってきた。使節団を率いるファローは、すぐにクワークの店へと向かう。ワディ族はゲームに目のない一族だったのだ。ファローは、実際の人間をある虚構の世界へと閉じ込め、元の世界へ戻ってこられるかを見て楽しむゲーム「チュラ」を開始して……。
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第11話 宇宙商人フェレンギ星人
DS9のクワークのもとに、フェレンギ財界の長老“グランド・ネーガス”のゼクが訪れる。ゼクはフェレンギ財界の幹部を招集した会議で、自分の後継者にクワークを指名する。意外な指名に、フェレンギの幹部たちは不満たらたら。クワークを脅迫する者まで現れるが……。
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第12話 エイリアン殺人事件
DS9で殺人事件が発生。ラカー人のクローデンがクワークと示し合わせて、ミラドーン人の双子ロウ・ケルとアー・ケルから美術品を奪おうとしたのだ。怒ったロウ・ケルに襲われたクローデンは反撃し、ロウ・ケルを殺してしまう。激怒したアー・ケルは、兄の仇を討とうとクローデルをつけねらう。
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第13話 戦慄のガンマ宇宙域
ある日、ベイジョーの預言者カイ・オパカがDS9を訪れる。オパカの希望で、シスコはキラ、ベシアーを連れてワームホールへと小旅行へ出る。ガンマ宇宙域に出たシスコたちは奇妙な信号を受信、その発信源をたどっていくうちに、とある月を守る人工衛星から攻撃され墜落してしまう。
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第14話 混迷の惑星“ベイジョー”
ベイジョーの2つの勢力、パク派とナボット派は領土を巡って対立しており、シスコが調停にあたることになった。パク派の指導者バリスはまだ少女、亡くなった父親の跡を継ぎ、頑固なまでに立場譲らず交渉は難航する。一方、オブライエンはベシアーに同行し、ベイジョーへ救難活動に行くが……。
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第15話 第五の月“ジェラドー”
ベイジョーは第五の月ジェラドーからエネルギーを取り出すプロジェクトに着手していた。しかし、調査飛行に出たキラは、ジェラドーに生命反応があることに気付く。ジェラドーに降り立ってみると、そこにはムリボクという老人が2人の仲間と共に住んでいた。
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第16話 夢幻の刻
DS9近くの宇宙空間で、プラズマ・フィールドにおけるトロンの放出が増大していることが観測された。その頃、DS9では不思議なことが続けて起こる。どうやらプラズマ・フィールドにおける異常によって、人間が頭の中で想像したり願ったりしたことが現実に起きてしまうらしいのだ。
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第17話 機械じかけの命
DS9に惑星連邦の使節団が派遣されてくる。大使のひとり、ラクサナ・トロイは、クワークの店で盗まれたブローチを取り戻してくれたオドーに一目ぼれし、積極的にオドーに迫る。そんな折、ワームホールから一機の探査船が現れた。
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第18話 反逆のテレパス・エネルギー
ガンマ宇宙域へ生物調査に出かけたクリンゴン船がワームホールから出てきた。ところがDS9の司令室スタッフが見守る前で、そのクリンゴン船は爆発炎上する。またその頃、バレリアン人の輸送船がDS9にドッキング許可を求めてきた。バレリアン人を警戒するキラはドッキングに反対するが……。
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第19話 謎のカーデシア星人
カラ・ノーラ症候群という病気にかかったカーデシア人が転送されてきた。カラ・ノーラ症候群は、カーデシアがベイジョー人を強制収容していたガリテップ・キャンプで起こった鉱山事故がもとで発生した病気であり、カラ・ノーラ症候群であるということは、当時ガリテップ・キャンプにいたということになるのだ。
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第20話 預言者の導き
DS9にベイジョーのウィン司教がやってきてケイコの授業に文句をつけた。彼女はワームホールの成り立ちを科学的に説明していたのだが、ベイジョーにとってワームホールは「聖なる神殿」のある神聖な場所であり、彼女の教え方は神への冒涜だというのだ。
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第1話 帰って来た英雄~パート・1~
クワークはボスリックの貨物船の船長から、ベイジョー人のイヤリングを託される。船長はそのイヤリングをカーデシア・フォーの修理工から言付かったのだという。そのイヤリングをクワークから見せられたキラは驚く。それはかつてベイジョーのレジスタンス運動の最高指導者と称されたリー・ナラスのものだったからだ。
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第2話 帰って来た英雄~パート・2~
ベイジョー安定のため、かつてのレジスタンスの英雄リー・ナラスをカーデシアから奪還したキラだったが、ジャロ大臣からDS9の副官としての地位を剥奪される。一方、ベイジョーの過激派、サークルは、着々と武器をたくわえクーデターを画策していた。
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第3話 帰って来た英雄~パート・3~
サークルから、非ベイジョー人のDS9よりの完全撤退を迫られたシスコだったが、一般市民を撤退させたあと司令部スタッフはステーション残り徹底抗戦を決意する。一方、キラとダックスは、ジャロ大臣のクーデターにはカーデシアが武器を供給していた証拠をもって政府へと向かった。
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第4話 突然の侵入者
DS9の近くでプラズマ嵐が発生、一般市民はステーションから避難し残っているのは数少ない司令部クルーのみ。そんなとき、プラズマ嵐に巻き込まれた船から救援を求める通信が入った。シスコはトラクター・ビームを使ってその船を救うが……。
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第5話 戦慄のカーデシア星人
ベシアーが、DS9で仕立屋を開いているカーデシア人のガラックとお茶を飲んでるところに、奇妙な親子連れが現われた。父親プロガはベイジョー人だが、息子のルーガルはカーデシア人。ルーガルは、カーデシア軍がベイジョーから撤退した時に取り残された戦争孤児の一人だった。
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第6話 エレージアン星人 メローラ・パズラー少尉
DS9へ連邦からメローラ・パズラー少尉が派遣されてきた。メローラはエレージアン人で、重力のほとんどない星に生まれ育っていた。そのためベシアーたちはメローラのため、車イスだの反重力装置だの、さまざまな装備を用意して到着を待ち受けていた。しかし勝気なメローラは特別扱いを嫌うあまり、人の好意を受け入れることが出来ない。
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第7話 フェレンギ星人の掟
久しぶりにグランド・ネーガスであるゼクからクワークに連絡が入り、フェレンギ人はガンマ宇宙域に進出する事が決まった。ついてはクワークを主任に任命するというのである。クワークは、ガンマ宇宙域からやってきたドサイ人と交渉に臨む。
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第8話 殺しの密告者
ベイジョー人の女性から仕事を頼まれたクワーク。彼女はカーデシア占領時代にステーションで薬局を開いていたバトリックの未亡人で、店の壁に箱が隠してあるからそれを取り出して持って来て欲しいというのである。クワークは承諾し、箱を見つけるが、中には8人のベイジョー人の名前が書かれた紙が一枚入っているだけだった。
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第9話 愛の幻影
DS9にテラフォーマー、セイエティク教授がやって来る。死んだ恒星を再び燃やし甦らせる実験をするためだ。セイエティクは非常に優秀な科学者だが常識も謙虚さもなく自己顕示欲が強いため、相手をするダックスはウンザリする。その頃、シスコはプロムナードで不思議な女性と出会う。
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第10話 さまよえるスクリーア星人
ある日、ワームホールから現われた船。シスコは生命維持装置が壊れたらしいその船から、ビーム転送で4人のスクリーア人を助け出す。4人のリーダーはハニークと名乗る女性。ハニークの話によれば、スクリーア人は今までテログラン人の支配を受けていたが、テログラン人がドミニオンに侵略を受けた隙に逃亡したという。
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第11話 詐欺師 エル・オーリアン星人
DS9にエル・オーリアン人のマータスが現われる。エル・オーリアン人の特技として、マータスは人の話に耳を傾けるのがうまく、自分を信用させて人の秘密を聞き出し、その情報をもとに詐欺を働くのである。オドーはマータスを逮捕し、拘置所に入れるが……。
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第12話 流動体生物の秘密
ステーションにオドーを訪ねてモーラ博士が来る。モーラ博士はベイジョー人であり、オドーの発見後、研究に携わった人物だった。だが2人の間にはわだかまりがあった。現在もオドーのルーツを研究しているモーラ博士はガンマ宇宙域のある惑星に行き、そこから生命体の一部と文字の彫られた柱を発見する。しかし帰ろうとした時に地震が起き……。
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第13話 最終兵器解体の陰謀
チーフ・オブライエンとドクター・ベシアーは、タラニ人の船に出張中。タラニ族はケルラン族との長年の戦争に終止符をうち、遺伝子を破壊する最終兵器ハーベスターの解体するために、惑星連邦へ協力を頼んできた。ベシアーは首尾よくハーベスターの解体に成功。しかし最後のハーベスターを解体機に入れた時、2人のテロリストが現われ……。
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第14話 オブライエンの孤立
近いうちにDS9で、パラダ政府と過激派との和平交渉がもたれることになった。オブライエンがパラダ星系からの出張から戻ってみると、なんとなくスタッフの様子がおかしい。疑問をもったオブライエンは、自分が留守の間に何があったのか調べ始める。
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第15話 自然回帰
シスコはオブライエンを連れて、ワームホールの近くで植民地を建設するのによさそうな惑星を調査に出かける。2人はオリエウス星系で良さそうな星を見つけ、ビーム転送で地表に降りるが、そこで先住民たちにとらえられてしまう。彼らは10年前、入植地へ向かう途中で不時着し、そのままこの星から出られなくなってしまった一行であった。
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第16話 幻影の村
ワームホールの向こう側に異常な分子界を発見し、ダックス科学仕官とオドーが調査に向かう。惑星に接近したダックスはこれが物質と反物質が反応して出来たオミクロン分子界であることを知り、オドーと共に上陸する。一見すると平和な村のようだったが、実は最近、理由もなく忽然と村人が蒸発する事件が続発していた。
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第17話 宇宙の原型
ダックスはあるトリル人合体候補生の担当教官となる。彼はダックスの噂を聞いて緊張していた。一方、ベイジョー星系を脅かすエネルギー体が現れる。
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第18話 クワークの愛
シスコらは故障したカーデシア船からある教授と生徒たちを救助する。教授はクワークと旧知の仲だったが、彼女はカーデシアの政治亡命者となっていた。
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第19話 血の誓い
平穏な日々も束の間、殺された息子の敵討ちに3人のクリンゴン戦士がDS9に集結する。共に復讐を誓ったダックスが女性の姿になっていることに驚く。
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第20話 戦争回避 (前編)
カーデシアの輸送船がDS9への寄港中に何者かに爆破され、連邦とカーデシアの間に緊張が走る。デュカットは非武装地帯の入植者たちの関与を疑う。
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第21話 戦争回避 (後編)
誘拐されたデュカットの捜索に向かったシスコ、キラ、べシアは、マキと名乗る過激派のアジトへたどり着く。そこでシスコは旧友に出くわす。
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第22話 義務と友情
べシアとランチの列に並んでいたガラックは激しい頭痛に襲われる。しかしなぜか彼はべシアの診療を拒み、陰でクワークと怪しげな取引をするのだった。
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第23話 二人のキラ
ワームホールを通過中に機器トラブルに見舞われたキラとべシアは、2人して平行宇宙へとワープしてしまう。そこでキラはもう1人の自分と対面する。
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第24話 密告者
ベイジョーで新たな宗教指導者の選挙が行われ、キラの恋人バライルが有力候補となる。しかし対立候補のウィンはバライルの暗い過去を暴こうと…。
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第25話 疑惑の法廷
ケイコと休暇に出かける途中、オブライエンは元同僚と再会するが、直後にカーデシアに逮捕される。そのまま有罪が確定した裁判にかけられることに。
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第26話 新たなる脅威
シスコはジェイクと親子水入らずの旅行を計画するが、ノーグとクワークもついて来てしまう。旅先の惑星でシスコとクワークはある戦闘種族に捕まる。
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第1話 ドミニオンの野望 (前編)
ジェム・ハダーが攻撃してくればDS9はひとたまりもないことがキラの分析で判明する。その脅威に対抗するため、シスコは最強の戦艦を手配していた。
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第2話 ドミニオンの野望 (後編)
ドミニオンの攻撃を受けた直後、衝動に従いキラを連れてオマリオン星系の惑星に向かったオドー。そこはオドーが長い間探し求めていた彼の故郷だった。
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第3話 クワークの結婚
客足が悪いクワークのバーで困り果てるロム。唯一の客であるクリンゴン人が自分は一文無しだと言っているらしい。そんな中、ある事件が起きる。
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第4話 仮面の幻影
会食の席でキーボードを美しく弾き始めたダックス。しかし本人を含め、ダックスの過去のホストに音楽の心得がある者はいないはずだった。
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第5話 恐るべき過去
キラは自分が10年前にカーデシアの収容所にいたと知る。その収容所に向かう途中で何者かにさらわれたキラは、目覚めるとカーデシア人になっていた。
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第6話 捨て子の秘密
ある女船長からガンマ宇宙域で難破した船を買い取ったクワークは、船内に赤ん坊を見つける。驚異的なスピードで成長し、青年になった彼の正体とは。
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第7話 暴徒制圧モード始動
DS9内の鉱石加工場で古いファイルを削除していたジェイクとオブライエン。作業中に、カーデシア占領時代の暴動制圧プログラムが作動してしまう。
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第8話 次元移動惑星M
ガンマ宇宙域を探査していたシスコたちの前に突如、ある惑星が現れる。2つの次元を移動しているというその星の住人とダックスは恋に落ちる。
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第9話 奪われたディファイアント
エンタープライズのウィリアム・ライカー中佐がDS9を訪れる。好意を持ったキラは、ライカーを案内しようとディファイアントに乗せるが…。
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第10話 恋の感謝祭
DS9で年に1度のベイジョーの感謝祭が行われる。愛する人の到着を待つのはキラとオブライエン。ところがお祭りの最中に異様な恋愛騒動が起きる。
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第11話 2024年暴動の夜 (前編)
シスコ、ダックスとべシアは討論会に参加するためサンフランシスコに向かう。だが、転送中にトラブルが起こり、2024年にタイムスリップしてしまう。
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第12話 2024年暴動の夜 (後編)
21世紀の歴史に刻まれる英雄、ガブリエル・ベルを死なせてしまったシスコ。彼の代わりを務めるべく、ベルとして暴動事件の人質たちを守ろうとする。
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第13話 バライルの死
カーデシアとの和平交渉に向かう途中のベイジョー船が事故に遭い、バライルが重傷を負う。しかし、ウィンはバライルの命より交渉を優先する。
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第14話 可変種の定め
マキがリセピアンの船に攻撃を仕掛けたことを知り、追跡を始めたキラとオドー。たどり着いた惑星の洞窟で、キラは水晶体に足を取られてしまう。
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第15話 三匹の毒蛇
シスコはカーデシアの科学者の協力でガンマ宇宙域との通信が可能な亜空間中継機を設置することに。だがベイジョーのヴェデクが預言を理由に反対する。
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第16話 新・金儲けの秘訣
フェレンギのグランド・ネーガス・ゼクがDS9を訪れ、本の執筆のため、クワークの元に滞在するという。その本の内容は意表をつくものだった。
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第17話 DS9破壊工作
DS9にやってきたロミュランの使節団がドミニオンの情報を要求してくる。彼らは情報をもらう条件で、ディファイアントに遮蔽装置を貸したのだった。
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第18話 老化促進テレパシー
アルトバという異星人が連邦法で禁止されている薬を売るようにベシアに要求する。断られたアルトバは診療室に侵入し、居合わせたベシアを襲う。
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第19話 鏡の裏のシスコ
シスコはオブライエンの分身に拉致され、キラとべシアが1年前に訪れた平行宇宙に連れて行かれる。その世界はシスコの助けを必要としていた。
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第20話 姿なき連合艦隊 (前編)
ガラックがランチから戻ると同時に、店で爆発が起こる。シスコらは、何者かがガラックの命を狙って爆発を事故に見せかけたのではないかと疑う。
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第21話 姿なき連合艦隊 (後編)
カーデシアの元指揮官、エナブラン・テインと再会したガラック。ロミュランと共にドミニオンへの先制攻撃を仕掛けようとするテインと手を組むことに。
フェレンギのグランド・ネーガス・ゼクがDS9を訪れ、本の執筆のため、クワークの元に滞在するという。その本の内容は意表をつくものだった。
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第22話 夢の古代船
シスコはベイジョーの図書館から古代の宇宙船の設計図を持ち帰る。彼は光圧を推進力とするその船を実際に作り、ジェイクと旅してみたいと言い出す。
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第23話 クワークの母
フェレンギ会計監査局がクワークの店に立入監査に入る。罪状は「家族への監督不行き届き」。クワークの母はフェレンギの法に反して金儲けをしていた。
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第24話 シャカールの乱
ベイジョー政府の首相が亡くなり、カイ・ウィンが後継者に指名される。キラはウィンが政治の世界でも実権を握ろうとしていることに嫌悪感を抱く。
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第25話 クルゾンの秘密
ダックスは過去のホストたちを呼び出して会話するというトリル族の儀式に向けて準備を進める。そのためにはシスコたちの体を借りる必要があった。
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第26話 忍び寄る可変種の脅威
大佐に昇格したシスコ。だが祝いの席で、連邦のクラジェンスキー大使はシスコにクーデターの発生を秘密裏に明かす。シスコらは大使と現地に向かう。
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第1話 クリンゴンの暴挙
マートク将軍率いるクリンゴン艦隊がDS9にやってくる。ドミニオンと戦うために来たというが、どうも様子がおかしい。果たして彼らの真の狙いとは。
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第2話 父と子
作家志望のメラニーは、40才前に断筆した作家のジェイク・シスコを訪ねる。ジェイクは事故で亜空間に消えた父のベンジャミンについて語り始める。
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第3話 苦悩するジェム・ハダー
ガンマ宇宙域の任務から帰還中のべシアとオブライエン。難破船の発する信号を調査中にある惑星に不時着し、ジェム・ハダーに捕らわれてしまう。
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第4話 デュカットの娘
ベイジョーの密輸人から6年前に消えたカーデシア船の手掛かりをつかんだと聞いたキラは調査に向かう。船にはベイジョー人捕虜たちが乗っていた。
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第5話 禁じられた愛の絆
シスコはダックスに重要な知らせを告げる。リナーラ・カーン博士が率いるトリルの科学者チームが訪れ、ディファイアントで実験を行うというのだ。
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第6話 ディファイアントの危機
シスコたちはカレマとの貿易交渉のためガンマ宇宙域へと向かう。しかし道中でディファイアントはジェム・ハダーに襲われ、絶体絶命の大ピンチに。
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第7話 フェレンギ人囚わる
クワークはいとこのゲイラから10年間も約束されていた船をやっと譲り受け、その船で宇宙艦隊アカデミーに入学するノーグを地球へ送ることにする。
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第8話 カーレスの剣
クリンゴンの英雄コールは、クリンゴン帝国初代皇帝の武器である伝説の「カーレスの剣」を探していると言う。ダックスとウォーフは彼を手伝うことに。
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第9話 ドクター・ノア
ホロスイートで1960年代のスパイプログラムを楽しんでいたべシア。そこへガラックが現れ、せっかく堪能していたプログラムを台無しにしてしまう。
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第10話 地球戒厳令 (前編)
地球で開かれていた連邦とロミュランの外交会議の場で爆発事件が起こり、死亡者が27名も出てしまう。現場の映像に映っていたのは可変種だった。
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第11話 地球戒厳令 (後編)
地球全土で大停電が起き、ドミニオンによる破壊工作が疑われる。艦隊による戒厳令が敷かれる中、シスコは士官候補生たちの不可解な動きに気づく。
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第12話 ジェラシー
ベイジョーの首相シャカールが連邦加盟の交渉で訪れる。暗殺計画が判明し、オドーが護衛に付くが、キラと親しげな首相にオドーは内心穏やかではない。
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第13話 新たなる戦線
シャカールに頼まれ、キラはクリンゴンについての情報交換のためカーデシアの前線基地へ出向くことに。現地へキラを送るのは左遷されたデュカットだ。
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第14話 モーグの息子たち
ウォーフの前に弟カーンが現れ、自分を殺せと頼む。ウォーフが連邦についたせいで一族の名誉は失墜したが、家族の手にかかって死ねば挽回できるという。
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第15話 ロムの反乱
耳の感染症に苦しみつつ働かされていたロムはついに倒れてしまう。クワークの搾取にうんざりした彼はフェレンギに禁じられている組合設立を決意する。
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第16話 選ばれし者の困惑
何世紀も前のベイジョー船が突如ワームホールから現れた。診療室に転送された乗客は伝説的なベイジョーの詩人で、自分は預言者に選ばれし者だと言う。
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第17話 裁かれるウォーフ
戦闘中に誤ってクリンゴンの民間船を撃墜してしまったウォーフは裁判にかけられ、強制送還の危機に。シスコはウォーフに有利な証拠を集めようとする。
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第18話 つくられた記憶
スパイ容疑で逮捕されたオブライエンは人工の記憶を植え付けられる。それは20年間分の服役体験の記憶で、解放後もその記憶に悩まされることになる。
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第19話 鏡あわせのジェニファー
ジェイクはシスコからある女性を紹介される。その女性の容姿、口調や人柄までが亡き母ジェニファーにそっくりであることにジェイクは驚きを隠せない。
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第20話 二人の女神
ラクサナがオドーを訪ね、妊娠という驚きの報告をする。だが彼女の夫は、子供が16才になるまで母親から隔離して育てると主張していると言う。
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第21話 裏切り者は誰だ
クリンゴンとカーデシアの抗争が波紋を呼ぶ中、カーデシアへの輸送船がDS9を経由することに。オドーはDS9にマキの一味が潜んでいると疑う。
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第22話 戦士の宿命
ジェム・ハダーがDS9を襲撃する。シスコはウォーフ、ダックス、オドー、オブライエンとディファイアントに乗り込み、敵を追ってガンマ宇宙域へ向かう。
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第23話 星に死の満つる時
ガンマ宇宙域で救難信号に応答したキラとダックス、べシアはその惑星に降り立つ。そこは200年前、ジェム・ハダーにより破壊された星だった。
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第24話 クワーク、絶体絶命
故郷から戻ってきたクワークは、悲惨なニュースをロムに告げる。自分は珍しい不治の病にかかっており、余命はたったの1週間だと言うのだ。
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第25話 可変種の脅威 第二幕 (前編)
オドーが発作を起こした。検査の結果、人間の姿を保つ能力を失いかけていると判明する。回復のためには創設者である同胞の元へ帰るしか道はなかった。
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第1話 可変種の脅威 第二幕 (後編)
クリンゴンのガウロン宰相は可変種で、ドミニオンのスパイだという疑いが浮上。正体を暴くよう命じられたシスコは、クリンゴンに変装し帝国に向かう。
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第2話 神の船
シスコ、ダックス、ウォーフ、オブライエンがガンマ宇宙域の惑星を調査中にジェム・ハダーの戦艦が墜落。敵の指揮官から執拗な戦艦の返還要求が届く。
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第3話 クワークの再婚
ダックスと一緒にバーにいたウォーフは、そこへ現れたクリンゴン人の美女グリルカに一目惚れする。だがグリルカは実はクワークの元妻だった。
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第4話 戦う勇気
取材のためベシアに同行したジェイク。シャトルで移動中に救難信号を受け、クリンゴンに襲撃された連邦の植民地に急行。そこで悲惨な現実を目にする。
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第5話 ケイコのために
ベイジョーから戻った妻ケイコと再会したオブライエンは、彼女から驚愕の事実を聞かされる。ケイコの身体はある生命体に乗っ取られていたのだ。
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第6話 伝説の時空へ
ダーヴィンという名のクリンゴンのスパイが歴史を変えるために時間を遡る。シスコたちは男の企みを暴き、歴史が変わる前に阻止しなければならない。
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第7話 享楽の星・ライサ
最近のダックスの行動に不満を持つウォーフ。休暇で訪れることになった享楽の星ライサで、ダックスと2人だけでじっくり話し合おうと計画する。
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第8話 秘められた過去
ベイジョーを訪れたシスコら4人が意識を失った。目を覚ましたのはカーデシア占領下のベイジョー。そこでオドーの意外な闇の過去が明らかになる。
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第9話 あの頂を目指せ
無人の惑星に墜落したオドーとクワーク。爆発で通信機材を含め、生存に必要なものが一切失われてしまった。唯一の望みをかけ、2人は山頂を目指す。
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第10話 預言者シスコ
ベイジョーの失われた伝説都市バハラを描いた絵に魅了されてしまったシスコ。命の危険も顧みずに、幻視を手がかりに史跡を見つけようとする。
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第11話 一人、また一人、そして…
キラは昔のレジスタンス仲間が殺されたことを知る。コンピュータに残されたメッセージに不安を募らせるキラ。だが、これはまだ始まりに過ぎなかった。
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第12話 幼き命
出産の時が迫るキラ。一方、クワークから可変種の赤ん坊を買ったオドー。病気の赤ん坊の面倒を見ながら、成長に目を細めるオドーだったが…。
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第13話 エディングトンの逆襲
シスコは自分を裏切り、マキの仲間になったエディングトンを見つける。マキの企みを知ったシスコは阻止するためにやむなく無謀な手段に出ることに。
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第14話 敗れざる者 (前編)
DS9はカーデシア人からだと思われる暗号メッセージをガンマ宇宙域から拾う。それが恩師からの救難信号だと知ったガラックは、彼の救出に向かう。
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第15話 敗れざる者 (後編)
DS9が攻撃に備える中、ドミニオンはカーデシアの方向へ進路を変え、デュカットの船も後に続く。カ―デシアは裏でドミニオンと手を組んでいたのだ。
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第16話 ジュリアンの秘密
宇宙艦隊のホログラムドクターのモデルに選ばれたベシア。適正確認のために開発者のジマーマンが身元調査を行うが、ベシアの秘密がそこで明らかに。
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第17話 オドーの恋
オドーの目に留まった美しく観察力の鋭い女性。ステーションのコンピュータに侵入しようとした彼女をオドーは逮捕するが、次第に心惹かれてしまう。
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第18話 武器を売る者
クワークは借金に苦しんでいた。そんな時、いとこから武器販売で儲ける話を持ちかけられる。命がけの危険な駆け引きでクワークの商才が光る。
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第19話 父死す
キラはカーデシア反政府運動の指揮者ゲモールと再会する。キラは彼に新政府のドミニオン離脱を扇動してほしいと頼むが、ゲモールには死期が迫っていた。
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第20話 愛の値段
フェレンギ会計監査局から目をつけられたクワーク。悪いこと続きですっかり落胆し、安らぎを求めて母を訪ねる。母は意外な相手と恋仲になっていた。
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第21話 我らクリンゴン
カーデシアの境界付近で行方不明になった戦艦バモス。クリンゴン最高評議会よりバモスの捜索を命じられたマートク将軍は、ウォーフに同行を依頼する。
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第22話 末裔の星
帰還途中にダックスがエネルギー・バリアに覆われた惑星を調査したいと言う。エネルギーにより船内のシステムは故障し、キラが複製される事態に。
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第23話 最後のテロリスト
シスコに秘密の通信が届く。マキの残党が報復のためカーデシアに大量のミサイルを発射したのだ。窮地に立たされたシスコは仇敵に助けを求める。
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第24話 眠れるステーション エムポック・ノール
DS9の修理に必要なカーデシア製の部品を求め、カーデシアが放棄した宇宙ステーションに乗り込むオブライエン。そこは無人のはずだったが…。
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第25話 プレゼント大作戦
ジェイクはクワークのオークションのリストからシスコの好きな野球選手のカードを見つける。元気のない父親のためになんとか落札しようと考える。
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第26話 DS9撤退の日
ワームホールから次々と現れるジェム・ハダーの戦艦。アルファ宇宙域がドミニオンに占拠されつつあることに気づいたシスコは、苦渋の決断を下す。
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第1話 明日なき撤退
ドミニオンとカーデシアを相手に戦況が悪化する中、援軍の期待も打ち砕かれるDS9一行。シスコは敵の生命線である施設を破壊する任務を与えられる。
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第2話 洞窟の密約
損傷したジェム・ハダー船で航行するシスコたち。地図にない星雲に突入し、惑星に不時着すると同時にダックスは負傷。そこでジェム・ハダーに捕まる。
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第3話 過去を越えた絆
マートク将軍の補充要員に、疎遠になっていた息子アレキサンダーを見つけ当惑するウォーフ。兵士には向かない息子との溝をなんとか埋めたいと願う。
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第4話 レジスタンスの苦悩
連邦の行動を監視していた敵の高度なセンサーを破壊するため、シスコは危険な戦術を使う。一方、キラたちのレジスタンス活動は思わぬ展開を見せる。
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第5話 ディープ・スペース・ナイン奪還作戦 (パート1)
ドミニオンとカーデシアの艦隊にことごとく負け戦を強いられる連邦の士気は下がる一方だった。DS9を奪還するため、シスコはある作戦を計画する。
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第6話 ディープ・スペース・ナイン奪還作戦 (パート2)
宇宙連邦を唯一守る存在の機雷原が破壊される中、シスコはDS9を取り返すために無謀としか言えないミッションの遂行を決死の覚悟で命じる。
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第7話 花嫁の試練
ウォーフとダックスがいよいよ結婚。だがその前に、ダックスはクリンゴンの家に入るために、マートクの妻シレラの審査に通らなければならない。
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第8話 聖者の復活
キラの死んだ恋人にそっくりの男が平行宇宙からやって来て、キラを人質に取る。逃亡犯であるというその男は、元の世界に戻ることを拒否する。
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第9話 封じられた最終戦略
遺伝子操作の過去が明らかになったベシアは、同じ経験を持つ者たちに協力することに。目的は社会に適応し、その優秀な頭脳を役立てることだった。
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第10話 闘う交渉人フェレンギ
ドミニオンの人質になった母親の救出を任されたクワーク。グランド・ネーガス・ゼクから高額の報酬を約束されたクワークは、弟と救出作戦を立てる。
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第11話 不滅の悪意
シスコがデュカットを戦争犯罪の調査会に移送中、宇宙艦がカーデシアによって攻撃される。苦悩に駆り立てられたデュカットは次第に正気を失って行く。
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第12話 モーンの遺産
モーンがイオン嵐で事故死してしまった。悲しむ一同をよそに商機と見たクワークはバーで追悼式を開くが、莫大な遺産の相続人はなんとクワークだった。
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第13話 夢、遥かなる地にて
親友戦死の報に落胆し、引退を考え始めたシスコ。そんな中、自分が人種差別の激しい1950年代のアメリカでSF作家になっている幻視を見る。
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第14話 ルビコンの奇跡
ダックスらは、亜空間圧縮現象により縮小されたランナバウトで調査に向かう。一方、ディファイアントがジェム・ハダーに占領されてしまう。
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第15話 非情の捜査線
犯罪組織オリオン・シンジケートに情報を流しているスパイを探るため、オブライエンは組織に潜入する。だが背後にはさらに恐ろしい敵の存在があった。
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第16話 至高の絆
カーデシアの二重スパイの元に向かうダックスとウォーフ。その途中で暗号化された亜空間通信をスパイから受け取る。彼は亡命を希望していた。
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第17話 憎悪を越えて
母親に関する秘密を知り、動揺するキラ。真相を探るべく、シスコに頼んで時の発光体の助けを借り、時間を遡ることに。そこにはさらに衝撃的な現実が。
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第18話 記憶なきスパイ
DS9で情報漏洩疑惑があり、調査のために内務監査局からスローン副長官が派遣される。上級士官は全員隔離され、自室で待機するように命じられる。
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第19話 消された偽造作戦
犠牲者リストを見てため息をつくシスコ。戦争に勝つにはロミュランを連邦とクリンゴン連合の味方につけるしかない。究極の手段がシスコの良心を苛む。
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第20話 心をつなぐホログラム
ベシア自慢の新しいホロスイート・キャラクター。それは60年代のラスベガスのクラブで、マティーニ片手に酔いしれる観客に歌を披露する歌手だった。
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第21話 善と悪の叫び
選ばれし者への伝言が記された石版が発見され、ベイジョーから持ち帰ったシスコ。ダックスの解読によると、それは闘いが始まるというお告げだった。
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第22話 過信
フェレンギ星に向かう途中でノーグとジェイクはジェム・ハダーの攻撃を受ける。そこへ現れたアカデミー候補生のエリート部隊により2人は救出される。
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第23話 グランド・ネーガスは永遠に
憲章に男女平等の新条項を加えることを決めたグランド・ネーガス・ゼク。その政権を守るべく、女性蔑視のクワークがなぜか女性を代弁することに。
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第24話 時の迷い子
久しぶりに家族と再会したオブライエン。だがピクニックの最中、幼い娘モリーが時間の渦に落ちてしまう。救出されたものの、娘の様子に両親は戸惑う。
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第25話 待っている女
ディファイアントがリサ・キューザック艦長から救難信号を受信する。シスコたちは、脱出ポッドで辺境の惑星に不時着した彼女の救出に向かう。
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第26話 決意の代償
宇宙艦隊がドミニオンを攻撃する時がついに来た。シスコはカーデシア侵攻の指揮官に任命されるが、預言者はシスコに謎めいた警告を与える。
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第1話 砂漠からの呼び声
ダックスの死とワームホールの消滅から3ヵ月後、DS9の生活は大きく変化していた。地球に戻ったシスコは再び預言者からの幻視を見るようになる。
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第2話 預言者の呪縛
シスコはダックスの新しいホスト、エズリと出会う。選ばれし者の発光体を求め、地球からタイリー星に旅立つシスコ一家に彼女も同行することになる。
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第3話 再生する魂
エズリは、前のホストの記憶に戸惑ったり、仲間の自分に対するぎこちない態度に傷いていた。居場所を見つけられない彼女に手を差し伸べたのは…。
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第4話 がんばれ、ナイナーズ!
宇宙艦の修理のためにDS9に立ち寄ったバルカン人のソロック艦長。実はシスコとソロックには深い因縁があった。2人は野球で勝負をすることに。
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第5話 愛に目覚める者
遺伝子操作を受けたミュータントたちがベシアを訪ねてDS9に現れる。セレーナにベシアの治療を受けさせるため、研究所から脱走してきたようだ。
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第6話 予期せぬ亡命者
知人と偽り、オドーを呼び出したのは敵であるドミニオンのヴォルタ人リーダー、ウェイユンだった。彼がオドーに告げた要求は意外なもので…。
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第7話 今一度あの勇姿を
クリンゴンの名将コールの突然の訪問に驚くウォーフ。野心のせいであちこちに敵を作ってしまったと話す、かつての英雄がウォーフに頼んだこととは。
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第8話 戦争の影 -AR558攻防戦-
星域最大のドミニオンの通信アンテナを死守する部隊と、彼らを支援するシスコたち。襲撃は激しさを増し、シスコのチームからも被害者が出てしまう。
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第9話 裏切られた誓約
キラはベイジョーの恩師との再会を喜ぶが、直後にエムポック・ノールに転送されてしまう。そこではデュカットがカルト集団の長として崇められていた。
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第10話 ペーパームーンに抱れて -戦争の影パート2-
戦争で片足を失ったノーグがDS9に帰還した。仲間たちが元気づけようとするが、ノーグの傷は深い。そんな彼を立ち直らせたのは意外な人物だった。
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第11話 崩れゆく家族の肖像
オブライエンは内緒で行ったニュー・シドニーで行方不明になり、それを知ったシスコは激怒。現地に実家があるというエズリに捜索を頼むことに。
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第12話 平行世界に消えたゼク
フェレンギの長にしてクワークの母の恋人、グランド・ネーガス・ゼクが出張先の平行宇宙で行方不明に。遮蔽装置が欲しい同盟軍に捕らわれたのだ。
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第13話 眠らぬ殺意
DS9で士官射殺事件が起きる。凶器は宇宙艦隊試作のTR-116ライフルだった。捜査が行き詰まる中、犯人を見つけたいエズリは禁断の方法をとる。
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第14話 仮面の下の孤独
偶然見かけたオドーを追ってDS9にやって来た可変種のラーズ。久々に出逢う同種に喜ぶオドーだが、固形種を蔑視するラーズは次々と問題を起こす。
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第15話 アドリブ作戦で行こう!
ヴィックの店にギャングのフランキーが出現。驚くオブライエンとベシアの前で店はギャングに乗っ取られる。店を取り返すため総力戦が繰り広げられる。
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第16話 闇からの指令
謎に包まれた艦隊の諜報機関、セクション31。ベシアを訪れたスローンはセクション31からの指令を与える。それはロミュラン高官の情報収集だった。
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第17話 彷徨う心
シスコがベイジョーの土地に家を建てる夢に耽っていると、ウォーフが激戦の中で行方不明になったという報告が入る。エズリは単独で捜索することに。
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第18話 偽りの契り
結婚について否定的な預言者にシスコが戸惑う中、カイ・ウィンが式を手伝いにDS9に到着する。ベイジョー人に変装したデュカットがウィンに接近。
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第19話 決別の行方
ウォーフとエズリが転送されたジェム・ハダー船。そこでは女性可変種とソット・ゴーによる、戦争を終結に導く条約調印の準備が進められていた。
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第20話 変節の時
ウォーフとエズリ帰還の喜びも束の間、ブリーンが地球の艦隊司令部を攻撃したという知らせが入る。ダマールは母星解放のために立ち上がることを決意。
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第21話 嵐の予兆
ダマールの反乱を支持するため、シスコはキラに反乱軍の訓練を指示する。発病したオドーのために治療法を探すベシアは驚くべき事実を知ることに。
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第22話 嵐に立つ者たち
カーデシア反乱軍に戦術を説き伏せるキラの元に、活動の中核を担うオドーが帰ってきた。創設者を蝕む病気に感染した彼の容態は急速に悪化していた。
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第23話 心の決死圏
キラは瀕死のオドーをDS9に連れ戻すが、彼に諭されてカーデシアに再び向かう。治療法を見つけるため、オブライエンとベシアは決死の作戦に出る。
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第24話 自由への叫び
新生ディファイアントの指揮を任されたシスコ。一方、キラ、ガラック、ダマールは味方の裏切りに遭い、やっとの思いでドミニオンの攻撃から逃げる。
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第25話 終わりなきはじまり
シスコの指揮下でディファイアントが連邦、クリンゴン、ロミュランの艦隊に参戦し、カーデシア侵攻が始まる。ついに訪れる、最後の旅立ちの時。
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